Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika最新文献

{"title":"Algorithm for molecular diagnosis of hereditary pathology associated with single-gene CNVs","authors":"Кашеварова, А.А., Лопаткина, М.Е., Васильева, О.Ю., Федотов, Д.А., Фонова, Е.А., Сивцев, А.А., Зарубин, А.А., Лебедев, И.Н.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.36-39","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.36-39","url":null,"abstract":"Моногенные вариации числа копий участков ДНК (CNV) у пациентов с нарушением психомоторного развития выявляются с частотой до 10%. Исход данного типа аберраций более очевиден, если затронут дозозависимый ген, ассоциированный с заболеванием. Однако патологический фенотип может формироваться в результате гемизиготизации рецессивного варианта нуклеотидной последовательности на интактном гомологе или при сочетании CNV и нуклеотидного варианта (компаундная гетерозигота). Нами разработан и апробирован для 1176 пациентов алгоритм молекулярной диагностики наследственной патологии, ассоциированной с моногенными CNV. Патогенные, вероятно патогенные и структурные хромосомные аберрации с неопределенной клинической значимостью выявлены у 478 пробандов (40,6%), в том числе моногенные CNV - у 60 пациентов (5,1%). Среди 32 моногенных аберраций, присутствие которых подтверждено методом ПЦР в реальном времени, большая часть была унаследована от здоровых родителей (23 CNV или 72%). Семи пациентам проведено секвенирование. Ни одного патогенного варианта нуклеотидной последовательности на интактном гомологе выявлено не было, однако в ряде случаев обнаружены не описанные ранее варианты неопределенного значения в генах, не вовлеченных в CNV.\u0000 Single-gene copy number variations (CNVs) in patients with impaired psychomotor development are detected with a frequency of up to 10%. The outcome of this type of aberration is more obvious if a dosage-sensitive gene associated with the disease is affected. However, a pathological phenotype can also be formed as a result of hemizygotization of a recessive nucleotide sequence variant from an intact homologue or by combining CNV and a nucleotide variant (compound heterozygote). We have developed and tested for 1176 patients an algorithm for the molecular diagnosis of hereditary pathology associated with single-gene CNV. Pathogenic, likely pathogenic and structural chromosomal aberrations with uncertain clinical significance were detected in 478 probands (40.6%), including monogenic CNV in 60 patients (5.1%). Among 32 single-gene aberrations, the presence of which was confirmed by real-time PCR, most were inherited from healthy parents (23 CNV or 72%). Seven patients underwent sequencing. Not a single pathogenic nucleotide sequence variant was identified on the intact homologue, but in some cases, previously unreported variants of uncertain significance were found in genes not involved in CNV.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"5 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"128077132","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Chromosomal aberrations in blood cells of lung cancer patients in miners of the Kemerovo region","authors":"Баканова, М.Л., Минина, В.И., Тимофеева, А.А., Савченко, Я.А., Астафьева, Е.А., Глушков, А.Н.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.12-15","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.12-15","url":null,"abstract":"Воздействие комплекса факторов производственной среды предприятий угольного цикла, может привести к возникновению различных легочных заболеваний. Подтвержденным биомаркером генотоксического воздействия, отражающим индивидуальную чувствительность к воздействию факторов окружающей среды, является частота хромосомных аберраций в лимфоцитах периферической крови человека. Цель: изучение хромосомной нестабильности в клетках периферической крови у рабочих угольных шахт Кузбасса и у больных раком легкого, имеющих стаж работы на угольных шахтах Кузбасса. Материалом для исследования послужила периферическая кровь. Культивирование лимфоцитов крови для получения препаратов хромосом осуществляли стандартным полумикрометодом. Стaтистическaя обрaботкa проводилaсь с использовaнием методов непараметрической статистики, реализованных в программе «Statistica 10.0» (StatSoft, Inc., USA). Выявлено статистически значимое повышение частоты аберрантных метафаз у рабочих угольных шахт Кузбасса и у больных раком легкого, имеющих стаж работы на угольных шахтах Кузбасса, по сравнению со здоровыми донорами из группы сравнения.\u0000 Mining has a direct impact on the environment and on the health of miners and is considered one of the most hazardous occupations worldwide. The aim of this study was the analysis of chromosomal aberrations (CAs) in lung cancer patients and healthy donors resident in the same territory. Statistical analysis were performed using nonparametric statistics (Mann-Whitney U Test for paired comparison of quantitative characteristics), logistic regression. It was determined that the CAs frequency (both chromatid- and chromosome-type aberrations) was significantly increased in lung cancer patients compared to control group.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"7 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"129876359","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Evaluation of the whole-genome non-invasive prenatal testing effectiveness for detection of rare chromosomal abnormalities based on the Research Institute of Obstetrics, Gynecology and Reproductology named after D.O.Ott experience","authors":"Вашукова, Е.С., Тарасенко, О.А., Козюлина, П.Ю., Моршнева, А.В., Мальцева, А.Р., Глотов, А.С.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.19-22","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.19-22","url":null,"abstract":"Введение. Неинвазивное пренатальное тестирование (НИПТ) с использованием технологии полногеномного секвенирования ДНК, циркулирующей в крови беременной, является одним из самых эффективных методов для определения риска хромосомных аномалий у плода без инвазивных вмешательств. Данный тест помимо частых хромосомных аномалий позволяет выявлять редкие нарушения. Однако целесообразность использования полногеномного НИПТ для детекции редких хромосомных аномалий остается предметом дискуссий. Цель: оценить эффективность использования полногеномного НИПТ для выявления редких хромосомных аномалий у плода на основе опыта ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». Методы. В период с декабря 2019 по май 2022 года с использованием технологии полногеномного секвенирования проанализированы образцы ДНК, выделенные из плазмы крови 4600 женщин с одноплодной беременностью. Результаты. В 182 (4,0%) случаях обнаружен высокий риск хромосомных аномалий у плода, из них 35 (19,2%) случаев составили редкие аномалии. Чаще встречались трисомии по хромосоме 16 (десять случаев), по хромосоме 19 (три случая), реже - трисомии по хромосомам 8, 9, 20, 10, 22 (по два случая), по хромосомам 2, 3, 4, 5, 11, 12, 14, 15 (по одному случаю), моносомии по хромосомам 21, 18 и 13 (по одному случаю), в одном случае - риск множественной анеуплоидии. Результаты подтверждающей инвазивной диагностики получены у 11 женщин, остальные пациенты отказались от инвазивных процедур. Выявленные аномалии подтверждены в 6 случаях (54,5%).\u0000 Background. Non-invasive prenatal testing (NIPT) using whole-genome sequencing of DNA circulating in the pregnant woman blood is one of the most effective method for determining the risk of fetal chromosomal abnormalities without invasive interventions. This test, in addition to frequent abnormalities, allows to identify rare pathologies. However, the feasibility of whole-genome NIPT for detection of rare chromosomal abnormalities remains a subject of debate. Aim: to evaluate the effectiveness of whole-genome NIPT for the detection of rare fetus chromosomal abnormalities based on the D.O. Ott Research Institute of Obstetrics, Gynecology and Reproductology experience. Methods. In the period from December 2019 to May 2022, DNA samples isolated from the blood plasma of 4,600 women with singleton pregnancies were analyzed using whole genome sequencing technology. Results. In 182 (4.0%) cases, a high risk of fetal chromosomal abnormalities was found, of which 35 (19.2%) cases were rare pathologies. More common were trisomy on chromosome 16 (ten cases), on chromosome 19 (in three cases), less often - trisomy on chromosomes 8, 9, 20, 10, 22 (in two cases), on chromosomes 2, 3, 4, 5, 11, 12, 14, 15 (one case each), monosomy on chromosomes 21, 18 and 13 (one case each), one case of multiple aneuploidy. The invasive diagnostic results were obtained for 11 women, other patients refused invasive procedures. The identified rare anomalies were confirmed in 6 cases (54.5%).","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"188 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"122629543","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Analysis of copy number aberrations in blood lymphocytes of nuclear industry workers exposed to external radiation","authors":"Исубакова, Д.С., Литвяков, Н.В., Цымбал, О.С., Усова, Т.В., Цыпленкова, М.Ю., Мильто, И.В., Тахауов, Р.М.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.32-35","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.32-35","url":null,"abstract":"Введение. Поиск биологических маркёров индивидуальной радиочувствительности человека остаётся чрезвычайно актуальной проблемой современной радиационной медицины. Цель - провести оценку аберраций числа копий ДНК (copy number aberration - CNA) в лимфоцитах крови работников, подвергшихся хроническому профессиональному радиационному воздействию. Методы. Обследовано 20 условно здоровых работников Сибирского химического комбината, подвергшихся внешнему радиационному воздействию. Всем обследованным лицам провели стандартный цитогенетический анализ. Выделенная ДНК из образцов крови исследована с использованием микроматрицы «CytoScan HD Array» («Affymetrix», США). Для обработки результатов микрочипирования использовали программу «Chromosome Analysis Suite 4.3» («Affymetrix», США). Результаты. У 4 из 20 работников обнаружено 4 CNA различных типов: 3 мозаичные амплификации, 1 мозаичная делеция. Заключение. Обнаруженные 4 CNA, кандидата на происхождение de novo, не индуцированы хроническим низкоинтенсивным облучением, так как не показали ассоциацию с ним. В данном исследовании, предположение о связи возникших de novo CNA с радиочувствительностью индивидов не подтвердилось. Необходимы дальнейшие исследования механизмов сохранения хромосомных аберраций с целью обнаружения маркёров индивидуальной радиочувствительности.\u0000 Introduction. The search for biological markers of individual radiosensitivity remains an extremely urgent problem of modern medicine. Aim: to evaluate of the copy number aberrations in the blood lymphocytes of workers exposed to occupational radiation exposure. Methods. The object of the study was the blood of 20 relatively healthy workers of the Siberian Chemical Combine, exposed to external radiation. A standard cytogenetic analysis was performed for all the examined individuals. The blood DNA was examined using a «CytoScan HD Array» microarray («Affymetrix», USA). To process the results of microchipping, a program was used «Chromosome Analysis Suite 4.3» («Affymetrix», США). Results. For4 workers found out 4 CNA: 3 mosaic amplifications, 1 mosaic deletion. Conclusion. The detected 4 candidates for the origin of de novo CNA were not induced by chronic low-intensity radiation, as they did not show an association with radiation. In this study, the assumption about the connection of de novo CNA with the radiosensitivity of individuals was not confirmed. Further studies of the mechanisms of XA preservation are needed in order to detect markers of individual radiosensitivity.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"13 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"121157488","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"AZF deletion and spermatogenesis defects in men with Y chromosome mosaicism","authors":"Штаут, М.И., Опарина, Н.В., Шилова, Н.В., Сорокина, Т.М., Курило, Л.Ф., Поляков, А.В., Черных, В.Б.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.4-11","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.4-11","url":null,"abstract":"Введение. Аномалии кариотипа и микроделеции в локусе AZF (Yq11.2) хромосомы Y являются частыми генетическими причинами мужского бесплодия, вызванного нарушением сперматогенеза, однако эффект их сочетанного влияния недостаточно исследован. Цель: сравнительный анализ сперматологических показателей у мозаиков по хромосоме Y, имеющих и не имеющих делеции в локусе AZF. Методы. Обследованы 16 мужчин с мозаицизмом по хромосоме Y. Анализ кариотипа выполнен с использованием стандартного цитогенетического исследования на культивированных лимфоцитах периферической крови. Молекулярно-цитогенетическое (FISH) исследование проводили для выявления/верификации мозаицизма и структурных аномалий хромосомы Y. Микроделеции хромосомы Y детектировали методом мультиплексной ПЦР. Спермиологическое исследование выполняли в соответствии с рекомендациями Руководства ВОЗ (2010). Результаты. Цитогенетически идентифицируемые несбалансированные аномалии хромосомы Y обнаружены у 13 (81,25%) из 16 мужчин. Делеции в локусе AZF детектированы у 8 (50%) из 16 пациентов. Выборка разделена на две группы: группа I - без AZF делеций (n=8); и II - с AZF делециями (AZFb+c, n=7 и AZFc, n=1). Выявлены различия в структуре сперматологических диагнозов между группами: в группе I отмечены различные формы патозооспермии (азооспермия - 3; олигоастенотератозооспермия - 3; астенотератозооспермия - 2); в группе II - только тяжелые формы патозооспермии (азооспермия - 7; олигозооспермия тяжелой степени - 1), а также по частоте олигоспермии - 12,5% и 37,5%, соответственно. Более высокая концентрация сперматозоидов обнаружена у пациентов без AZF делеций (группа I - 15,9±31,0 млн/мл, группа II - 0,003±0,009 млн/мл; р=0,026). Не выявлено статистически значимых различий между группами по среднему возрасту пациентов, объёму, pH и вязкости эякулята. Выводы. Структурные аномалии и микроделеции хромосомы Y в локусе AZF (Yq11.2) встречаются с высокой частотой у пациентов с мозаицизмом по хромосоме Y. Несбалансированные перестройки хромосомы Y и патогенные микроделеции в локусе AZF у мужчин-мозаиков по хромосоме Y характеризуются тяжелой степенью нарушения сперматогенеза. Сохранение фертильностного потенциала мужчин с мозаицизмом по хромосоме Y возможно при отсутствии несбалансированных перестроек и тяжелых типов AZF делеций.\u0000 Introduction. Chromosome abnormalities and microdeletions in the AZF (Yq11.2) locus of the Y chromosome are common genetic causes of male infertility caused by impaired spermatogenesis, however, the effect of their combined influence has not been sufficiently investigated. Aim: a comparative analysis of semen parameters in the Y-chromosome mosaics with and without AZF deletions. Methods. 16 male patients with Y chromosome mosaicism were examined. Chromosome analysis was done using by standard cytogenetic examination. Fluorescence in situ hybridization (FISH) was performed to identify/verify mosaicism and determine the structural Y chromosome abnormalities. The Y chromosome microdeletions w","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"93 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"117286446","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Complex genomic rearrangements in etiology of the «chromosomal phenotype»","authors":"Миньженкова, М.Е., Маркова, Ж.Г., Юрченко, Д.А., Тарлычева, А.А., Маркова, Т.В., Семенова, Н.А., Муртазина, А.Ф., Кадышев, В.В., Гридина, М.М., Весна, Э., Фишман, В.С., Шилова, Н.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.44-47","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.44-47","url":null,"abstract":"Представлены результаты молекулярно-генетического исследования четырех пациентов с комплексными геномными перестройками и «хромосомным фенотипом», который может включать нарушение интеллектуального развития и множественные врожденные пороки и аномалии развития. C целью выявления геномного дисбаланса и оценки влияния геномных перестроек на проявление фенотипических аномалий проведены FISH-исследование, ХМА и Hi-C у пациентов с «по-видимому» сбалансированными хромосомными перестройками. Идентификация геномного дисбаланса, его структуры и механизмов формирования в этих случаях позволяет охарактеризовать комплексные геномные перестройки в целом и оценить индивидуальные генетические риски в семье.\u0000 We present the results of a molecular-genetic study of 4 patients with complex genomic rearrangements and «chromosomal phenotype», which may include phenotype anomalies, intellectual disabilities, and multiple congenital abnormalities. FISH analysis, CMA and Hi-C were carried out in patients with “apparently” balanced chromosomal rearrangements associated with an abnormal phenotype to identify and estimate the genomic imbalance. The identification of the structure, mechanisms of formation and genomic imbalance in these cases allows us to characterize complex genomic rearrangements and assess individual genetic risks in the family.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"20 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"128501843","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Variability of Formation Mechanisms of Chromosomal imbalance in Wolf-Hirschhorn Syndrome","authors":"Юрченко, Д.А., Миньженкова, М.Е., Маркова, Ж.Г., Тарлычева, А.А., Дадали, Е.Л., Демина, Н.А., Маркова, Т.В., Анисимова, И.В., Шилова, Н.В.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.59-61","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.59-61","url":null,"abstract":"Синдром Вольфа-Хиршхорна (WHS, OMIM 194190) - это один из наиболее частых микроделеционных синдромов, представленный гетерозиготной делецией короткого плеча хромосомы 4 (4p16.3). К основным клиническим проявлениям относят характерные черепно-лицевые дизморфии («шлем греческого воина»), пренатальный и постнатальный дефицит роста, задержку психо-речевого развития и судороги. На сегодняшний день описано несколько механизмов формирования делеций 4р16.3 и несколько критических областей, ответственных за фенотипические проявления у пациентов. В нашем исследовании мы представляем пять случаев делеции 4p16.3, имеющей различное происхождение и механизмы формирования.\u0000 Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS, OMIM 194190) is one of the most common microdeletion syndromes, represented by a heterozygous deletion of the short arm of chromosome 4 (4p16.3). The main clinical features of patients with WHS include: craniofacial features - “Greek warrior helmet”, prenatal and postnatal growth deficiency, developmental disability of variable degree, and seizures. To date, several mechanisms for the formation of 4p16.3 deletions and several critical regions responsible for phenotypic manifestations in patients have been described. In our study, we present five cases of 4p16.3 deletion with different origins and mechanisms of formation.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"180 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"124497702","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Analysis of chromosome segregation in reciprocal translocation carriers depending on prophase quadrivalent features","authors":"Тонян, З.Н., Пуппо, И.Л., Сайфитдинова, А.Ф., Кинунен, А.А., Бичевая, Н.К., Беспалова, О.Н., Глотов, А.С.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.11.52-55","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.11.52-55","url":null,"abstract":"Введение. Преимущественное образование несбалансированных гамет вследствие нарушения мейотической сегрегации хромосом у носителей аутосомных реципрокных транслокаций (АРТ) может зависеть от степени асимметрии мейотического квадривалента и наличия терминальных точек разрывов. Комплексная оценка этих факторов на доимплантационном этапе позволит оценить весь спектр паттернов сегрегации для последующей оценки риска образования несбалансированных эмбрионов. Цель: оценить влияние степени асимметрии квадривалента и наличия терминальных точек разрывов на тип сегрегации хромосом у носителей АРТ. Методы. Кариотипирование супружеской пары, преимплантационное генетическое тестирование (ПГТ-СП) методом флуоресцентной in situ гибридизации (FISH) 271 бластомера эмбрионов, полученных в циклах вспомогательных репродуктивных технологий (ВРТ) у 26 пар-носителей АРТ. Определение паттернов сегрегации хромосом, степени асимметрии квадривалента и наличия терминальных точек разрывов. Результаты. Асимметрия квадривалента и терминальные точки разрыва не влияют на частоту образования эмбрионов со сбалансированным набором хромосом вследствие альтернативного типа сегрегации хромосом. Для носителей АРТ с сильной асимметрией квадривалента и терминальными точками разрывов более характерна сегрегация по типу 3:1 и 4:0, приводящая к хромосомному дисбалансу, в подавляющем большинстве случаев несовместимому с дальнейшим развитием эмбриона. Полученные данные могут быть использованы при медико-генетическом консультировании носителей АРТ.\u0000 Background. Meiotic quadrivalent asymmetry degree or the presence of terminal breakpoints may affect the risk of unbalanced gametes’ formation due to pathological chromosome segregation in autosomal reciprocal translocations (ART) carriers during meiosis. A comprehensive analysis of these factors in preimplantation embryos allows evaluating the entire spectrum of segregation patterns in ART carriers for subsequent risk assessment. Aim: the purpose of the study was to assess the influence quadrivalent asymmetry degree and the presence of terminal breakpoints on the segregation type in ART carriers. Methods. Karyotyping for ART confirmation, preimplantation genetic testing (PGT-SP) using fluorescent in situ hybridization (FISH) on 271 embryos obtained in assisted reproductive technology (ART) cycles in 26 couples of ART carriers. The chromosome segregation patterns, the quadrivalents’ asymmetry degree, and the presence of terminal breakpoints were determined. Results. An alternative segregation type, leading to the formation of balanced gametes, was observed with the same frequency in ART carriers with and without terminal breakpoints, as well as in carriers with different quadrivalent asymmetry degrees. The 4:0 and 3:1 patterns were more common in ART carriers with severe quadrivalent asymmetry and terminal breakpoints and could result in large-scale chromosomal imbalance. The data obtained can be used in genetic counseling of ART carriers.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"83 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-11-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"126399043","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Determination of the carriage of the «chimeric» CYP21A1P/CYP21A2 gene in families with a proband with non-classical congenital adrenal hyperplasia","authors":"Осиновская, Н.С., Султанов, И.Ю., Главнова, О.Б., Насыхова, Ю.А., Глотов, А.С.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.28-32","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.28-32","url":null,"abstract":"Более 90% случаев врожденной дисфункции коры надпочечников (ВДКН) связаны с изменениями в гене CYP21A2, из которых около 20% приходится на различные типы «химерных» генов CYP21A1P/CYP21A2. Проблема идентификации «химерных» генов и взаимосвязи их типов с клиническими формами ВДКН актуальна до настоящего времени. Исследование посвящено анализу «химерного» гена CH4 при неклассической форме ВДКН. В работе использовали методы ПЦР-ПДРФ анализа и секвенирования по Сэнгеру. Проанализированы образцы ДНК 3-х пробандов с неклассической формой ВДКН и их родителей. ПЦР-ПДРФ анализ с CYP21A2 генспецифичными праймерами не позволил определить химерные гены у родителей пробандов, но дал возможность предположить их наличие у самих пробандов. Комплексный анализ с использованием всех методов и псевдоген- и генспецифичных праймеров показал наличие у каждого из трех пробандов химерного гена CH4 в компаунд-гетерозиготном состоянии: в первом случае - с вариантом I173N, во втором - с i2 splice и в 3-м с - 30кб делецией гена CYP21A2. Для молекулярно-генетического анализа в семьях с дефицитом 21-гидроксилазы необходимо применение как анализа точковых мажорных мутаций, так и методов, выявляющих делеционно-дупликационные события в гене CYP21A2. Наличие химерного гена CH4 с точкой разрыва между позициями chr6:38038514 и chr6:32038938 (GRCh38) в компаунде с другими патогенными вариантами приводит к неклассической форме ВДКН.\u0000 90% of cases of congenital adrenal hyperplasia (CAH) are associated with changes in the CYP21A2 gene, of which about 20% are in various “chimeric” CYP21A1P/CYP21A2 genes. The problem of identifying “chimeric” genes and the relationship of their various types with the CAH clinical forms is still relevant today. The study is devoted to the analysis of the “chimeric” CH4 gene in the non-classical form of CAH. We used the methods of PCR-RFLP analysis and Sanger sequencing. DNA samples of 3 probands with a non-classical form of CAH and their parents were analyzed. The use of PCR-RFLP analysis with CYP21A2 gene-specific primers did not allow us to identify “chimeric” genes in the parents of the probands, but made it possible to assume their presence in the probands themselves. Whereas a complex analysis using all methods and pseudogene and gene-specific primers showed the presence in each of the 3 probands of the “chimeric” CH4 gene in the compound heterozygous state. In the first case, with the I173N variant, in the second, with i2 splice, and in the 3rd, with the 30 kb deletion of the CYP21A2 gene. For molecular genetic analysis in families with 21-hydroxylase deficiency, it is necessary to use both the analysis of major point mutations and methods that detect deletion-duplication events in the CYP21A2 gene. The presence of a “chimeric” CH4 gene with a break point between positions chr6:38038514 and chr6:32038938 (GRCh38) in a compound with other pathogenic variants leads to the nonclassical form of CAH.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"14 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"124210924","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Whole-exome sequencing in the complex diagnosis of genetically determined forms of male infertility associated with severe forms of pathozoospermia","authors":"Соловова, О.А., Опарина, Н.В., Рыжкова, О.П., Сорокина, Т.М., Черных, В.Б.","doi":"10.25557/2073-7998.2022.10.46-50","DOIUrl":"https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.10.46-50","url":null,"abstract":"У большинства пациентов с мужским бесплодием его причина остается неустановленной. В этиологию азооспермии и олигозооспермии вовлечены многочисленные хромосомные аномалии и патогенные варианты в генах, контролирующих сперматогенез и мужскую фертильность. Данное исследование направлено на повышение эффективности выявления генетических причин мужского бесплодия. Для этого сформирована и обследована выборка из 200 пациентов с азооспермией или тяжелой олигозооспермией неясного генеза. Выполнено комплексное клинико-генетическое обследование с использованием как общепринятых методов (клинико-генетическое, стандартное цитогенетическое исследование, анализ микроделеций хромосомы Y в локусе AZF и вариантов в гене CFTR), так и геномных методов - массового параллельного секвенирования (MPS). С использованием «стандартных» методов диагностики генетические причины бесплодия обнаружены у 92 (46%) пациентов. При полноэкзомном секвенировании (WES) у 18 (42,9%) из 42 пациентов, у которых по данным «стандартного» исследования не обнаружены генетические факторы бесплодия, выявлены варианты в 29 генах, вовлеченных в контроль репродуктивной функции, из них у 7 (16,6%) пациентов варианты в 8 генах предположительно являются каузативными и требуют дальнейших функциональных или сегрегационных исследований. Использование комплексного генетического обследования, включающего геномные методы, позволяет повысить эффективность диагностики генетически обусловленных форм бесплодия.\u0000 In most patients with male male infertility, it's cause remains unknown. Various chromosomal abnormalities and pathogenic variants in genes controlling spermatogenesis and male fertility are involved in the etiology of azoospermia and oligozoospermia. This study is aimed to improving the effectiveness of identifying the genetic causes of male infertility. For this purpose, a sample of 200 patients with idiopathic azoospermia or severe oligozoospermia was formed and examined. A comprehensive clinical and genetic examination was performed using both conventional methods (clinical and genetic, standard cytogenetic examination, analysis of the Y chromosome microdeletions at the AZF- locus and the CFTR gene), and genomic methods - massive parallel sequencing (MPS). Using “standard” diagnostic methods, genetic causes of infertility were found in 92 (46%) patients. Whole-exome sequencing (WES) revealed variants in 29 genes involved in the control of male fertility in 18 (42.9%) of 42 patients in whom genetic factors of infertility were not detected, according to the “standard” genetic examination, of which variants in 8 genes in 7 (16.6%) patients are presumably causative and require further functional or segregation studies. Comprehensive genetic examination, including genomic methods, makes it possible to increase the effectiveness of the diagnosis of genetically determined forms of infertility.","PeriodicalId":443256,"journal":{"name":"Nauchno-prakticheskii zhurnal «Medicinskaia genetika","volume":"2 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2022-10-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"117147805","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}