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Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)最新文献

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BlockFlow: Trust in Scientific Provenance Data BlockFlow:对科学来源数据的信任
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2019-06-24 DOI: 10.5753/bresci.2019.6311
Raiane Coelho, Regina M. M. Braga, J. M. David, Fernanda Campos, Victor Ströele
{"title":"BlockFlow: Trust in Scientific Provenance Data","authors":"Raiane Coelho, Regina M. M. Braga, J. M. David, Fernanda Campos, Victor Ströele","doi":"10.5753/bresci.2019.6311","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2019.6311","url":null,"abstract":"In scientific collaboration, the data sharing, the exchange of ideas and results is crucial to promote knowledge and accelerate the development of science. Trust is extremely important in this context as well as reproducibility. Although in scientific workflow the provenance has been the basis for reproducibility, in collaborative environments it is necessary to ensure integrity and trustworthiness of this provenance data. One of the technologies that have emerged and can help to address these issues is blockchain. A blockchain-based provenance system for collaborative scientific experiments could lead to a trustworthy environment for scientific experimentation. In this vein, this paper presents the specification of an architecture, named BlockFlow, that provides trust for distributed provenance data.","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"90 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2019-06-24","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"115908235","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 6
Deep Learning Application for Plant Classification on Unbalanced Training Set 深度学习在非平衡训练集上的植物分类应用
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2019-06-24 DOI: 10.5753/bresci.2019.6304
R. S. Pereira, F. Porto
{"title":"Deep Learning Application for Plant Classification on Unbalanced Training Set","authors":"R. S. Pereira, F. Porto","doi":"10.5753/bresci.2019.6304","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2019.6304","url":null,"abstract":"Deep learning models expect a reasonable amount of training in- stances to improve prediction quality. Moreover, in classification problems, the occurrence of an unbalanced distribution may lead to a biased model. In this paper, we investigate the problem of species classification from plant images, where some species have very few image samples. We explore reduced versions of imagenet Neural Network winners architecture to filter the space of candi- date matches, under a target accuracy level. We show through experimental results using real unbalanced plant image datasets that our approach can lead to classifications within the 5 best positions with high probability.","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"1 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2019-06-24","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"130692150","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 1
Análise Exploratória da Malária na Amazônia Brasileira por Meio da Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde ∗ 通过应用于健康的数据科学平台∗对巴西亚马逊地区的疟疾进行探索性分析
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2019-06-24 DOI: 10.5753/bresci.2019.6306
Lais Baroni, Balthazar Paixão, Álvaro Chrispino, G. Guedes, Christovam Barcellos, M. Pedroso, Eduardo S. Ogasawara
{"title":"Análise Exploratória da Malária na Amazônia Brasileira por Meio da Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde ∗","authors":"Lais Baroni, Balthazar Paixão, Álvaro Chrispino, G. Guedes, Christovam Barcellos, M. Pedroso, Eduardo S. Ogasawara","doi":"10.5753/bresci.2019.6306","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2019.6306","url":null,"abstract":"A malária é uma doença infecciosa que atinge principalmente a Amazônia Legal. O Departamento de Informática do Sistema Único de Saúde (DATASUS) hospeda e disponibiliza o Sistema de Informações de Vigilância Epidemiológica da Malária. Acompanhá-lo e integrar seus dados com fontes adicionais, bem como realizar a preparação dos dados é de vital importância para se compreender os fenômenos por trás das ocorrências e dos atendimen- tos médicos por meio das notificações realizadas no sistema. Para tanto, neste trabalho fazemos uso da Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde (PCDaS) como ferramenta para viabilizar a análise da evolução da malária na Amazônia Legal. A partir do seu uso, levantamos perguntas de pes","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"37 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2019-06-24","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"122699268","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Aplicação de Ontologias de Proveniência em Workflows Científicos: um Mapeamento Sistemático 本体在科学工作流中的应用:系统映射
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2019-06-24 DOI: 10.5753/bresci.2019.10031
Luiz Gustavo Dias, B. Lopes, Daniel de Oliveira
{"title":"Aplicação de Ontologias de Proveniência em Workflows Científicos: um Mapeamento Sistemático","authors":"Luiz Gustavo Dias, B. Lopes, Daniel de Oliveira","doi":"10.5753/bresci.2019.10031","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2019.10031","url":null,"abstract":"Experimentos científicos modelados como workflows são executados por complexos mecanismos chamados de Sistemas de Gerência de Workflows (SGWf). Existem diversos SGWfs com seus prós e contras, porém todos compartilham diversas características como por exemplo, a necessidade de fornecer apoio para os cientistas analisarem seus dados. Os dados de proveniência tem um papel importante no fornecimento das informações necessárias em diferentes etapas experimentais. Desta forma, o presente trabalho tem como objetivo mapear e caracterizar abordagens que utilizam uma das quatro ontologias de proveniência selecionadas, analisando fatores como adequabilidade, requisitos de execução e arquitetura. Após o estudo, percebeu-se que as ontologias de proveniência podem ser aplicadas em diferentes etapas do ciclo de vida do workflow científico, mas principalmente na fase de análise.","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"2 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2019-06-24","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"134419652","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Predição de Falhas em Workflows Científicos com o uso de Redes de Petri Estocásticas e Lógica DS 利用随机Petri网络和DS逻辑预测科学工作流程中的故障
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2019-06-24 DOI: 10.5753/bresci.2019.10027
B. Lopes, Daniel de Oliveira
{"title":"Predição de Falhas em Workflows Científicos com o uso de Redes de Petri Estocásticas e Lógica DS","authors":"B. Lopes, Daniel de Oliveira","doi":"10.5753/bresci.2019.10027","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2019.10027","url":null,"abstract":"Vários workflows existentes exigem muitos recursos computacionais, pois processam um grande volume de dados. Dessa forma, os ambientes de Processamento de Alto Desempenho (PAD) devem ser aplicados em conjunto com técnicas de paralelização para apoiar a sua execução. Embora os ambientes de PAD ofereçam diversas vantagens, as falhas são uma realidade, e não uma possibilidade, devido ao grande número de nós de computação envolvidos na execução do workflow. Verificar falhas no workflow é uma tarefa desafiadora que ainda requer esforço. Neste artigo, propomos o uso da DS3, uma lógica dinâmica adaptada sobre as redes de Petri estocásticas, para verificar e prever falhas em workflows. \u0000 ","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"271 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2019-06-24","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"133123858","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Paralelização do Framework Model-R de Modelagem de Nichos Ecológicos com a Plataforma Apache Spark 将生态位建模框架Model-R与Apache Spark平台并行化
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2019-06-24 DOI: 10.5753/bresci.2019.6313
Matheus Machado da Rosa Albuquerque, Luiz M. R. Gadelha
{"title":"Paralelização do Framework Model-R de Modelagem de Nichos Ecológicos com a Plataforma Apache Spark","authors":"Matheus Machado da Rosa Albuquerque, Luiz M. R. Gadelha","doi":"10.5753/bresci.2019.6313","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2019.6313","url":null,"abstract":"Este trabalho tem como objetivo avaliar o desempenho computacional do framework Model-R de modelagem de nichos ecológiocs no modelo de programação Spark para processamento de dados massivos (Big Data) em uma plataforma de supercomputação. Com o crescimento exponencial dos dados ecológicos e ambientais, torna-se necessário que ferramentas de modelagem de nichos ecológicos, como o Model-R, estejam preparadas para processar tais dados de forma escalável, sendo capazes de analisá-los em um tempo hábil. Nesta pesquisa, o Model-R, originalmente implementado em R com a biblioteca Snowfall, foi parcialmente portado para a plataforma Spark e sua avaliação no supercomputador Santos Dumont está em andamento.","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"4 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2019-06-24","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"122312122","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Ciência Cidadã Baseada em Big Data Aplicada ao Planejamento Urbano 基于大数据的公民科学应用于城市规划
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2018-08-09 DOI: 10.5753/bresci.2016.9122
E. Gomes, M. Dantas, D. D. J. Macedo, J. Dias, Carlos Roberto de Rolt, Marcelo Luiz Brocardo, Luca Foschini
{"title":"Ciência Cidadã Baseada em Big Data Aplicada ao Planejamento Urbano","authors":"E. Gomes, M. Dantas, D. D. J. Macedo, J. Dias, Carlos Roberto de Rolt, Marcelo Luiz Brocardo, Luca Foschini","doi":"10.5753/bresci.2016.9122","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2016.9122","url":null,"abstract":"Neste artigo são apresentados um modelo e uma arquitetura para construção e estruturação de ambientes que necessitam realizar, eficientemente, armazenamento, busca e análise de grandes volumes de dados. Para a implementação do modelo foi utilizado o projeto ParticipACT Brasil. Este projeto visa implantar na cidade de Florianópolis o processo de ciência cidadã para obter informações relevantes que auxiliem os gestores a resolverem problemas urbanos. Pode-se observar, então que a implementação do modelo facilitou a estruturação do ambiente, e ajudou na escolha de ferramentas especializadas na manipulação de big data.","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"51 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2018-08-09","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"128276761","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Workflows Científicos com Apoio de Bases de Conhecimento em Tempo Real 具有实时知识库支持的科学工作流程
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2018-08-09 DOI: 10.5753/bresci.2016.9123
Victor S. Bursztyn, J. Dias, M. Mattoso
{"title":"Workflows Científicos com Apoio de Bases de Conhecimento em Tempo Real","authors":"Victor S. Bursztyn, J. Dias, M. Mattoso","doi":"10.5753/bresci.2016.9123","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2016.9123","url":null,"abstract":"One major challenge in large-scale experiments is the analytical capacity to contrast ongoing results with domain knowledge. We approach this challenge by constructing a domain-specific knowledge base, which is queried during workflow execution. We introduce K-Chiron, an integrated solution that combines a state-of-the-art automatic knowledge base construction (KBC) system to Chiron, a well-established workflow engine. In this work we experiment in the context of Political Sciences to show how KBC may be used to improve human-in-the-loop (HIL) support in scientific experiments. While HIL in traditional domain expert supervision is done offline, in K-Chiron it is done online, i.e. at runtime. We achieve results in less laborious ways, to the point of enabling a breed of experiments that could be unfeasible with traditional HIL. Finally, we show how provenance data could be leveraged with KBC to enable further experimentation in more dynamic settings.","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"2 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2018-08-09","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"122409328","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Modelagem e Análise de Conformidade do Processo de Atracamento Molecular 分子对接过程的建模和符合性分析
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2018-08-09 DOI: 10.5753/bresci.2016.9126
Miller Biazus, L. Thom, Márcio Dorn
{"title":"Modelagem e Análise de Conformidade do Processo de Atracamento Molecular","authors":"Miller Biazus, L. Thom, Márcio Dorn","doi":"10.5753/bresci.2016.9126","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2016.9126","url":null,"abstract":"O processo de atracamento molecular é complexo, especialmente devido ao vocabulário especialista da área de bioinformática, podendo levar a problemas de interpretação entre os stakeholders do processo. O presente artigo propõe um modelo validado e verificado para o processo de atracamento molecular utilizando a Notação e Modelo de Processos de Negócio (BPMN), reconhecida como padrão pela OMG. O modelo de processo expõe um entendimento consensual - com base na literatura de Bioinformática e na opinião de especialistas de domínio - sobre como o processo deve ser definido e executado, e é utilizado como ponto de partida para uma análise de conformidade entre dois softwares existentes para realizar atracamento molecular.","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"51 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2018-08-09","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"131043241","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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Integrating Scientific Workflows with Scientific Gateways: A Bioinformatics Experiment in the Brazilian National High-Performance Computing Network 整合科学工作流程与科学网关:巴西国家高性能计算网络中的生物信息学实验
Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci) Pub Date : 2018-08-09 DOI: 10.5753/bresci.2016.9124
Maria Luiza Mondelli, Marcelo Galheigo, V´ıvian Medeiros, Bruno F. Bastos, A. A. Gomes, M. Mattoso, A. T. Vasconcelos, Luiz M. R. Gadelha
{"title":"Integrating Scientific Workflows with Scientific Gateways: A Bioinformatics Experiment in the Brazilian National High-Performance Computing Network","authors":"Maria Luiza Mondelli, Marcelo Galheigo, V´ıvian Medeiros, Bruno F. Bastos, A. A. Gomes, M. Mattoso, A. T. Vasconcelos, Luiz M. R. Gadelha","doi":"10.5753/bresci.2016.9124","DOIUrl":"https://doi.org/10.5753/bresci.2016.9124","url":null,"abstract":"Bioinformatics experiments are rapidly and constantly evolving due improvements in sequencing technologies. These experiments usually demand high performance computation and produce huge quantities of data. They also require different programs to be executed in a certain order, allowing the experiments to be modeled as workflows. However, users do not always have the infrastructure needed to perform these experiments. Our contribution is the integration of scientific workflow management systems and grid-enabled scientific gateways, providing the user with a transparent way to run these workflows in geographically distributed computing resources. The availability of the workflow through the gateway allows for a better usability of these experiments.","PeriodicalId":306675,"journal":{"name":"Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci)","volume":"51 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2018-08-09","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"117350684","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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