МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ最新文献

筛选
英文 中文
ҚОЗЫЛАРДЫҢ РЕСПИРАТОРЛЫҚ АУРУЛАРЫНА ҚАРСЫ ҚОЛДАНЫЛАТЫН КЕЙБІР ДӘРІЛІК ӨСІМДІКТЕР ТҮРЛЕРІНІҢ АНТИМИКРОБТЫ БЕЛСЕНДІЛІГІН ЖӘНЕ ИММУНОЛОГИЯЛЫҚ ҚАСИЕТТЕРІН ЗЕРТТЕУ 不要接触呼吸道先兆或其他呼吸道感染或抗菌剂的免疫效应。
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2024-03-20 DOI: 10.53729/mv-as.2024.01.12
Ch.A. Azizov, N. Zamanbekov, P. Sobiech, N. Kobdikova, E. Korabaev, Sh.B. Turzhigitova, A. Zhylgeldieva
{"title":"ҚОЗЫЛАРДЫҢ РЕСПИРАТОРЛЫҚ АУРУЛАРЫНА ҚАРСЫ ҚОЛДАНЫЛАТЫН КЕЙБІР ДӘРІЛІК ӨСІМДІКТЕР ТҮРЛЕРІНІҢ АНТИМИКРОБТЫ БЕЛСЕНДІЛІГІН ЖӘНЕ ИММУНОЛОГИЯЛЫҚ ҚАСИЕТТЕРІН ЗЕРТТЕУ","authors":"Ch.A. Azizov, N. Zamanbekov, P. Sobiech, N. Kobdikova, E. Korabaev, Sh.B. Turzhigitova, A. Zhylgeldieva","doi":"10.53729/mv-as.2024.01.12","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2024.01.12","url":null,"abstract":"This paper presents the results of studies to determine the antimicrobial activity and immunological properties of various medicinal plants. The obtained research results have shown that the approved extracts from medicinal plants have a pronounced antibacterial effect against pathogenic pathogens St. aureus, St. pyogenes, E. colliand can be used in the manufacture of veterinary phytopreparations for the treatment and prevention of respiratory diseases of young farm animals. 70% alcohol tinctures have a more pronounced antimicrobial property, whereas 40% alcohol tinctures weakly exhibit antibacterial activity. Analysis of the obtained research data indicates that lambs have an immunodeficiency condition accompanied by an imbalance of the immune system. In the course of the study, positive results were obtained from the use of phytopreparations to correct the immunological parameters of the lambs' body, which was confirmed by a significant increase in the level of immunological factors of immunity protection. Compared with the control group, the greatest increase was achieved by T- and B-lymphocytes on average up to 37%, phagocytic blood cells - up to 36, immunoglobulins - up to 37%, lysozyme – up to 30.6%.\u0000 Бұл мақалада әртүрлі дәрілік өсімдіктердің микробқа қарсы белсенділігі мен иммунологиялық қасиеттерін анықтау бойынша зерттеу нәтижелері келтірілген. Зерттеу нәтижелері негізінде дәрілік өсімдіктерден алынған сығындылардың St. aureus, St. pyogenes, E. colli патогендік қоздырғыштарына қарсы айқын бактерияға қарсы әсері бар екендігі анықталды, осы себепті олар ауылшаруашылық жануарлары төлдерінің тыныс алу мүшелері ауруларын емдеу және алдын алу үшін ветеринариялық фитопрепараттар өндірісінде қолданылуына негіз бола алуы мүмкін. 70%-ды спиртті тұнбашалары айтарлықтай айқын микробқа қарсы қасиетке ие болса, ал 40%-ды спиртті тұнбашалары бактерияларға қарсы әлсіз белсенділікті танытты. Алынған зерттеу деректерін талдау нәтижелері қозыларда иммундық жүйенің теңгерімсіздігімен бірге жүретін иммундық тапшылық жағдайы бар екенін көрсетті. Зерттеу барысында қозылар ағзасының иммунологиялық көрсеткіштерін реттеу мақсатында фитопрепараттарды қолданудан оң нәтижелер алынды, ал бұл өз кезегінде иммунитетті қорғаудың иммунологиялық факторларының деңгейінің едәуір артуымен расталды. Бақылау тобымен салыстырғанда Т - және В-лимфоциттер орташа есеппен 37% - ға дейін, нейтрофилдердің фагоцитарлық белсенділігі - 36 %–ға дейін, G және M класындағы иммуноглобулиндер-37% - ға дейін, лизоцим-30,6% - ға дейін ұлғайтындығы анықталды.","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":" 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2024-03-20","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"140388852","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
ИДЕНТИФИКАЦИЯ АБОРИГЕННЫХ КУЛЬТУР МИКРООРГАНИЗМОВ РОДА BACILLUS И ИХ ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ ПРИМЕНЕНИЕ ДЛЯ УВЕЛИЧЕНИЯ НЕФТЕОТДАЧИ ПЛАСТОВ 鉴定本地培养的芽孢杆菌属微生物及其在强化采油中的潜在应用
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2024-03-20 DOI: 10.53729/mv-as.2024.01.10
A. K. Yernazarova, G. Kaiyrmanova, U. Shaimerdenova, R. Magmiyayev, A. Islamova
{"title":"ИДЕНТИФИКАЦИЯ АБОРИГЕННЫХ КУЛЬТУР МИКРООРГАНИЗМОВ РОДА BACILLUS И ИХ ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ ПРИМЕНЕНИЕ ДЛЯ УВЕЛИЧЕНИЯ НЕФТЕОТДАЧИ ПЛАСТОВ","authors":"A. K. Yernazarova, G. Kaiyrmanova, U. Shaimerdenova, R. Magmiyayev, A. Islamova","doi":"10.53729/mv-as.2024.01.10","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2024.01.10","url":null,"abstract":"The present study was conducted to isolate active Bacillus cultures from developed oil reservoirs as potential objects for the development of microbial enhanced oil recovery (MEOR) methods. Oil formation water from two oil fields \"Zhetybai\" and \"Kulsary\" located in Western Kazakhstan were used as study materials. 8 cultures of Bacillus genus were isolated and identified on the basis of phylogenetic analysis of 16S rRNA gene. The formation of acetic acid and biosurfactants were studied as target properties valuable for MEOR. It was revealed that the investigated microorganisms are able to synthesize acetic acid as well as fatty acids. Emulsifying activity was determined as an indicator of the presence of biosurfactants. The maximum emulsification index was observed in strains of Bacillus sp. ZhM-3 and Bacillus sp. KM-2 for crude oil - 80% and 65%, for hexane - 69% and 50%, respectively. As a result of this work it was shown that the cultures of Bacillus sp. ZhM-3 and Bacillus sp. KM-2 are active producers of organic acids (acetic and butyric acids) and biosurfactants capable of emulsifying crude oil, which makes them potentially effective for application in biotechnological processes aimed at enhancing oil recovery from depleted fields.\u0000 Настоящее исследование проведено с целью выделения из разработанных нефтепластов активных культур рода Bacillus, как потенциальных объектов для разработки микробиологических методов увеличения нефтеотдачи (Microbial enhanced oil recovery – MEOR). В качестве материалов исследования использована нефтепластовая вода двух нефтяных месторождений \"Жетыбай\" и \"Кульсары\", расположенных в Западном Казахстане. Выделены и идентифицированы на основе филогенетического анализа гена 16S рРНК 8 культур рода Bacillus. В качестве целевых ценных свойств для MEOR проводили изучение продукции органических кислот и биосурфактантов. Выявлено, что исследуемые микроорганизмы способны синтезировать уксусную и масляную кислоты. В качестве показателя наличия биосурфактантов определяли индекс эмульгирования сырой нефти и гексана. Максимальный индекс эмульгирования отмечен у культур Bacillus sp. ZhM-3 и Bacillus sp. KM-2 для сырой нефти – 80% и 65%, для гексана - 69% и 50%, соответственно. В результате проведенной работы показано, что культуры Bacillus sp. ZhM-3 и Bacillus sp. KM-2 являются активными продуцентами органических кислот (уксусной и масляной) и биосурфактантов, способных к эмульгированию сырой нефти, что делает их потенциально эффективными для применения в биотехнологических процессах, направленных на повышение нефтеотдачи выработанных месторождений.","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":" 12","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2024-03-20","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"140388278","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
VAGINAL CANDIDIASIS AND CLINICAL EXPRESSION OF INFECTION 阴道念珠菌病和感染的临床表现
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2024-03-20 DOI: 10.53729/mv-as.2024.01.03
Z. Turlybayeva, B. Baymakhanova, A. Sadanov, L. Trenozhnikova, O. Lakhk, S. Orazymbet, I. Kulmagambetov, A. D. Massirbaeva, Sh.M. Miralimova
{"title":"VAGINAL CANDIDIASIS AND CLINICAL EXPRESSION OF INFECTION","authors":"Z. Turlybayeva, B. Baymakhanova, A. Sadanov, L. Trenozhnikova, O. Lakhk, S. Orazymbet, I. Kulmagambetov, A. D. Massirbaeva, Sh.M. Miralimova","doi":"10.53729/mv-as.2024.01.03","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2024.01.03","url":null,"abstract":"Vaginal candidiasis is one of the actual problem in clinical medicine. It’s very important for society because it’s widespread. In recent years, the frequency of detection of candidiasis has increased by two times, the number of chronic and often recurrent forms of fungal lesions of the vagina has increased. The combined composition of the microflora of a woman's vagina includes a small amount of opportunistic microflora. Numerous factors of changes in the vaginal microflora can lead to various types of fungal infection, in particular, to vaginal candidiasis. The review demonstrates scientific data on the etiology and pathogenesis of vaginal candidiasis.\u0000 Вагинальный кандидоз является одной из наиболее актуальных проблем клинической медицины. Его высокая социальная значимость обусловлена широкой распространенностью. За последние годы частота выявления кандидоза возросла в 2 раза, увеличилось количество хронических и часто рецидивирующих форм грибкового поражения влагалища. Комбинированный состав микрофлоры влагалища женщины включает в небольшом количестве условно-патогенную микрофлору. Многочисленные факторы изменения микрофлоры влагалища способны привести к различным видам грибковой инфекции, в частности, к вагинальному кандидозу. В обзоре приводятся научные данные по этиологии и патогенезу вагинального кандидоза.","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":" 19","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2024-03-20","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"140388568","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
АРАЛ ТЕҢІЗІНІҢ ЛЮМИНЕСЦЕНТТІ МИКРОФЛОРАСЫ 藻类发光微生物群
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2024-03-20 DOI: 10.53729/mv-as.2024.01.09
S. Bazhenov, V. Matveeva, P. Viushinskij, A. Kudryavtseva, B. Zhoshibekova, М.S. Alexyuk, A. Bogoyavlenskiy, I. Manukhov
{"title":"АРАЛ ТЕҢІЗІНІҢ ЛЮМИНЕСЦЕНТТІ МИКРОФЛОРАСЫ","authors":"S. Bazhenov, V. Matveeva, P. Viushinskij, A. Kudryavtseva, B. Zhoshibekova, М.S. Alexyuk, A. Bogoyavlenskiy, I. Manukhov","doi":"10.53729/mv-as.2024.01.09","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2024.01.09","url":null,"abstract":"The Aral Sea is a unique body of water and is an unstable ecological zone. The soils of the Aral Sea are an example of arid salt accumulation, where a specific type of solonchaks with a unique microflora are formed. The study of the microflora of waters and bottom sediments of the Aral Sea is currently receiving much attention, but there are no reports of the existence of luminescent microflora in this water area. Luminescent bacteria mainly inhabit the waters of seas and oceans, but not salt lakes and fresh water bodies. Here, for the first time, we report the discovery of luminescent microflora in the Aral Sea, which is a body of water with a complex hydrochemical nature separated from the ocean, which is characterized by strong fluctuations in temperature and salinity. The presence of at least two species of luminescent bacteria belonging to the genus Vibrio inhabiting the waters of the North Aral Sea has been shown. Considering the significant changes in temperature and salinity of the Aral water, apparently, these species can occupy different ecological niches that arise with changing seasons, water flow, etc. Isolated strains of luminescent bacteria can in the future be used for bioluminescent analysis of integral toxicity. It is assumed that the microflora, which is accustomed to the current environmental conditions, may be more sensitive to changes in the particular biotope.\u0000 Арал теңізі-бірегей су айдыны, тұрақсыз экологиялық аймақ. Арал теңізінің топырағы құрғақ тұзды жинақтаудың мысалы болып табылады, онда бірегей микрофлорасы бар сортаңдардың белгілі бір түрі қалыптасады. Арал теңізінің сулары мен түбі шөгінділерінің микрофлорасын зерттеуге қазіргі уақытта көп көңіл бөлінуде, бірақ бұл акваторияда люминесцентті микрофлораның бар екендігі туралы мәліметтер жоқ. Люминесцентті бактериялар тұзды көлдер мен тұщы су қоймаларында емес, негізінен теңіздер мен мұхиттарда тіршілік етеді. Бұл мақалада алғаш рет температура мен тұздылықтың қатты ауытқуымен сипатталатын, күрделі гидрохимиялық табиғаты бар, мұхиттан бөлінген су қоймасы болып табылатын Арал теңізінде люминесцентті микрофлораның табылуы туралы хабарлаймыз. Мұнда, Кіші Аралдың акваториясын мекендейтін люминесцентті бактериялардың Vibrio тұқымдасына жататын кем дегенде екі түрінің болуы көрсетілген. Аралдың суының температурасы мен тұздылығының айтарлықтай өзгеруін ескере отырып, бұл түрлер жыл мезгілдеріне, су тасқынына және т.б. өзгерістер кезінде пайда болатын әртүрлі экологиялық нишаларға байланысты болуы мүмкін. Болашақта люминесцентті бактериялардың оқшауланған штамдары интегралды уыттылықтың биолюминесценттік талдауы үшін пайдаланылуы мүмкін. Қоршаған ортаның қазіргі жағдайларына үйренген микрофлора белгілі бір биотоптағы өзгерістерге сезімтал болуы мүмкін деп болжанады.","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":" 6","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2024-03-20","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"140389101","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
РОЛЬ ПРОБИОТИКОВ В ЛЕЧЕНИИ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ 益生菌在治疗肠道感染中的作用
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2024-03-20 DOI: 10.53729/mv-as.2024.01.07
A. Massirbaeva, S. Zhantlessova, M. Yerdenbekova, T. Doolotkeldieva, A. Sadanov, B. Baimaxanova, I. Ratnikova, S. Orazimbet, E. Shorabaev
{"title":"РОЛЬ ПРОБИОТИКОВ В ЛЕЧЕНИИ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ","authors":"A. Massirbaeva, S. Zhantlessova, M. Yerdenbekova, T. Doolotkeldieva, A. Sadanov, B. Baimaxanova, I. Ratnikova, S. Orazimbet, E. Shorabaev","doi":"10.53729/mv-as.2024.01.07","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2024.01.07","url":null,"abstract":"Numerous studies have proven the effectiveness of probiotics in the treatment and prevention of intestinal infections and many other diseases. The main mechanisms of action of probiotics are explained. The use of probiotics to improve gut health has been recommended for many years. Probiotics are traditionally defined as viable microorganisms that, when ingested, have a beneficial effect on the prevention and treatment of certain pathological conditions. The article analyzes the feasibility of using probiotics for the treatment of intestinal infections and other diseases. The properties of probiotics are characterized by the proven ability to treat intestinal infections, which characterizes probiotics as an immunotropic agent and distinguishes them from other immunostimulating, immunomodulatory drugs.\u0000 Многочисленные исследования доказали эффективность пробиотиков в лечении и профилактике кишечных инфекции и других многих заболеваний. Выяснены основные механизмы действия пробиотиков. Использование пробиотиков для улучшения здоровья кишечника предлагалось уже много лет. Пробиотики традиционно определяются как жизнеспособные микроорганизмы, которые при приеме внутрь оказывают благоприятное воздействие на профилактику и лечение конкретных патологических состояний. В обзоре анализируется целесообразность применения пробиотиков для лечения кишечных инфекций и других заболеваний. Описываются свойства пробиотиков с доказанной способностью лечения кишечных инфекций, которые характеризуют пробиотики как иммунотропные средства и отличают их от других иммуностимулирующих, иммуномодулирующих препаратов.","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":" 8","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2024-03-20","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"140388359","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
СРАВНИТЕЛЬНАЯ ДИАГНОСТИКА ПРИ ИНФЕКЦИОННОМ И ИНВАЗИОННОМ КЕРАТОКОНЪЮНКТИВИТАХ КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА 牛传染性和侵袭性角膜结膜炎的比较诊断法
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2023-12-19 DOI: 10.53729/mv-as.2023.04.09
R. Sattarova, V. Strochkov, K. Boranbaeva, N. Zamanbekov, F.А. Bakieva, K. Shynybaev, M. Ospanova, K. Sman, G. Spiridonov
{"title":"СРАВНИТЕЛЬНАЯ ДИАГНОСТИКА ПРИ ИНФЕКЦИОННОМ И ИНВАЗИОННОМ КЕРАТОКОНЪЮНКТИВИТАХ КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА","authors":"R. Sattarova, V. Strochkov, K. Boranbaeva, N. Zamanbekov, F.А. Bakieva, K. Shynybaev, M. Ospanova, K. Sman, G. Spiridonov","doi":"10.53729/mv-as.2023.04.09","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2023.04.09","url":null,"abstract":"The article presents the results of comparative studies in infectious and invasive keratoconjunctivitis of cattle for 2023. 542 conjunctival samples of cattle from economic entities of Akmola, Zhetysu, Turkestan and Kostanay regions were studied. Real-time polymerase chain reaction was carried out with a set of «PCR-Moraxella-RV» reagents to identify three causative agents of Pink eye - Moraxella bovis, Moraxella ovis, Moraxella bovoculi. 15 positive samples from the Akmola region were identified as Moraxella bovoculli (100%), 33.3% were identified as Moraxella ovis,and 6.7% were identified as Moraxella bovis. During a microscopic examination of conjunctival swabs from the same animals, thelazias were dedected in 224 samples, which amounted to 43.1%. В статье приводятся результаты сравнительных исследований при инфекционном и инвазионном кератоконъюнктивитах крупного рогатого скота за 2023 год. Было исследовано 542 конъюнктивальных смывов крупного рогатого скота хозяйствующих субъектов Акмолинской, Жетысуской, Туркестанской и Костанайской областей. Полимеразно-цепная реакция в режиме реального времени проводилась набором реагентов «ПЦР-Моракселла-РВ» для выявления трех возбудителей моракселлеза - Moraxella bovis, Moraxella ovis, Moraxella bovoculi. В 15 положительных пробах из Акмолинской области, идентифицированных как Moraxella bovoculli (100%), 33,3% опознаны как Moraxella ovis, а 6,7% – Moraxella bovis. При микроскопическом исследовании конъюнктивальных смывов от этих же животных, телязии были обнаружены в 224 пробах, что составило 41,3%.","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":"772 ","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-12-19","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139171834","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
PYTHON КАК ИНСТРУМЕНТ ДЛЯ РЕКОНСТРУКЦИИ И АНАЛИЗА МЕТАБОЛИЧЕСКОЙ МОДЕЛИ В МАСШТАБЕ ГЕНОМА 将 python 作为重建和分析全基因组代谢模型的工具
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2023-12-19 DOI: 10.53729/mv-as.2023.04.03
A. Isimov, G. Admanova, A. Sarzhigitova, N. Kemalova, B. Bakytzhankyzy
{"title":"PYTHON КАК ИНСТРУМЕНТ ДЛЯ РЕКОНСТРУКЦИИ И АНАЛИЗА МЕТАБОЛИЧЕСКОЙ МОДЕЛИ В МАСШТАБЕ ГЕНОМА","authors":"A. Isimov, G. Admanova, A. Sarzhigitova, N. Kemalova, B. Bakytzhankyzy","doi":"10.53729/mv-as.2023.04.03","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2023.04.03","url":null,"abstract":"The cost reduction of high-throughput technologies has led to the development of data analysis methods that deal with the increasing availability of omics datasets. Constraint-based genome-scale metabolic modeling is an example of such a method. It uses omics data and biochemical networks, a mechanistic framework to combine omics data, to describe steady-state metabolic flux distributions. Therefore, a system of mass balance equations is created that can be solved via linear programming. To date, most software for constraint-based genome-scale modeling has relied on MATLAB, a popular proprietary programming language. However, Matlab has issues when dealing with the integration of omics datasets and modeling complex biological processes beyond metabolism. In contrast, Python, an object-oriented open-source programming language, is a better choice for solving these issues. It has a relatively easy syntax, offers an extensive community, and allows seamless integration of omics datasets. Owing to these factors, Python is a good emerging tool for constraint-based genome-scale metabolic modeling. This review aims to provide an introduction and systematic overview of Python-based tools for constraint-based genome-scale metabolic modeling. We installed, checked the documentation, and tried to use each tool described in the review. We grouped each tool into one of the three categories (GEM reconstruction and maintenance, phenotype simulation, or visualization software) and provided detailed tool and concept explanations when necessary. Снижение затрат на технологии с высокой пропускной способностью привело к разработке методов анализа данных, которые учитывают растущую доступность наборов данных omics. Примером такого метода является метаболическое моделирование в масштабе генома, основанное на ограничениях. Он использует данные omics и биохимические сети, а механистическая структура для объединения данных omics для описания стационарных распределений метаболических потоков. Таким образом, создается система уравнений баланса массы, которая может быть решена с помощью линейного программирования. На сегодняшний день большинство программных средств для моделирования генома на основе ограничений опирается на MATLAB, популярный проприетарный язык программирования. Однако у Matlab возникают проблемы при интеграции наборов данных omics и моделировании сложных биологических процессов, выходящих за рамки метаболизма. Напротив, Python, объектно-ориентированный язык программирования с открытым исходным кодом, является лучшим выбором для решения этих проблем. Он имеет относительно простой синтаксис, предлагает обширное сообщество и обеспечивает бесшовную интеграцию наборов данных omics. Благодаря этим факторам, Python является хорошим появляющимся инструментом для моделирования метаболизма в масштабе генома на основе ограничений. Цель этого обзора - представить введение и систематический обзор инструментов на базе Python для метаболического моделирования в масштабе ","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":"238 ","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-12-19","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139171718","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
МҰНАЙТОТЫҚТЫРУШЫ БАКТЕРИЯЛАР НЕГІЗІНДЕГІ БИОСОРБЕНТТІҢ ДЕСТРУКТИВТІ БЕЛСЕНДІЛІГІН ЗЕРТТЕУ 细菌和生物吸附剂的销毁和生物固体的销毁
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2023-12-19 DOI: 10.53729/mv-as.2023.04.15
B. Makhatayeva, P. S. Ualieva, G. Abdieva, E. Ongarbayev, A. Nurmaganbetova
{"title":"МҰНАЙТОТЫҚТЫРУШЫ БАКТЕРИЯЛАР НЕГІЗІНДЕГІ БИОСОРБЕНТТІҢ ДЕСТРУКТИВТІ БЕЛСЕНДІЛІГІН ЗЕРТТЕУ","authors":"B. Makhatayeva, P. S. Ualieva, G. Abdieva, E. Ongarbayev, A. Nurmaganbetova","doi":"10.53729/mv-as.2023.04.15","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2023.04.15","url":null,"abstract":"The growth activity of oil oxidizing microorganism strains in the oil-contaminated areas and the efficiency of oil decomposition were studied. During the experiment, a microbial consortium was formed using selected strains of microorganisms which were then immobilized in sorbents made of carbonized shungite and rice husks. A biosorbent based on a consortium of microorganisms, Pseudomonas poae TM1, and Pseudomonas migulae TM2, along with carbonized shungite and rice husks, has shown promising results in the bioremediation of oil-contaminated areas. Мұнай тотықтырушы микроорганизм штамдарының мұнаймен ластанған аймақта өсу белсенділігі және мұнайды ыдырату белсенділігі зерттелді. Тәжірибе барысында таңдалып алынған микроорганизм штамдарынан микробтық консорциум құрастырылып көміртектендірілген шунгит және күріш қауыздарынан жасалған сорбенттерге иммобилизация жасалды. Pseudomonas poae TM1 және Pseudomonas migulaе TM2 микроорганизмдер консорциумына және көміртектендірілген шунгит пен күріш қауызына негізделген биосорбент мұнаймен ластанған аймақтарды биоремедиациялауда перспективті екендігін көрсетті.","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":"226 ","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-12-19","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139172237","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
СҮТҚЫШҚЫЛДЫ БАКТЕРИЯЛАРДЫҢ ӘРТҮРЛІ АНТИБИОТИКТЕР МЕН МИКРООРГАНИЗМДЕРГЕ САЛЫСТЫРМАЛЫ БЕЛСЕНДІЛІКТЕРІ 不要使用抗生素或抗生素制剂来对付细菌或微生物。
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2023-12-19 DOI: 10.53729/mv-as.2023.04.13
Zh A. Orynbayeva, Z. Tungushbaeva, N. Moldagulova, E. Nagyzbekkyzy, N. Rudakov
{"title":"СҮТҚЫШҚЫЛДЫ БАКТЕРИЯЛАРДЫҢ ӘРТҮРЛІ АНТИБИОТИКТЕР МЕН МИКРООРГАНИЗМДЕРГЕ САЛЫСТЫРМАЛЫ БЕЛСЕНДІЛІКТЕРІ","authors":"Zh A. Orynbayeva, Z. Tungushbaeva, N. Moldagulova, E. Nagyzbekkyzy, N. Rudakov","doi":"10.53729/mv-as.2023.04.13","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2023.04.13","url":null,"abstract":"The main purpose of the study is to identify active strains by screening lactic acid bacteria that have a positive effect on internal hollow organs damaged by alcoholic beverages. The probiotic product contains active isolates. They are active individually or as part of a consortium. The object of scientific research was mare's milk, koumiss, shubat, yogurt, kefir. During the research, 16 pure cultures of lactic acid bacteria were isolated from lactic acid products. Their antibiotic resistance and antimicrobial activity have been studied. The study revealed 8 isolates with high probiotic activity. Active isolates were identified using the MALDI-TOF Biotyper Bruker mass spectrometer and it was found that they belong to the following Lactobacillus: L. casei, L. paracasei, L. plantarum, L. rhamnosus, L. acidophylus, L. brevis, L. fermentum. Active strains (Lactobacillus casei d-3, Lactobacillus paracasei S-612, Lactobacillus plantarum S-106, Lactobacillus plantarum S-414, Lactobacillus rhamnosusS-811, Lactobacillus acidophylus S-1, Lactobacillus brevis S-2, Lactobacillus fermentum d-4) were selected to create the necessary consortium for probiotic a product used to repair internal hollow organs damaged by alcoholic beverages. Зерттеудің негізгі мақсаты – алкогольдік сусындармен зақымдалған ішкі ағза қуыс мүшелеріне оң әсер ететін сүтқышқылды бактерияларға скрининг жүргізу арқылы белсенді штаммдарды анықтау. Пробиотикалық өнімнің құрамдас бөлігі - белсенді изоляттар. Олар жеке дара немесе консорциум құрамында белсенділік танытады. Жүргізілген ғылыми зерттеу жұмыстың нысаны ретінде бие сүті, қымыз, шұбат, қатық, айран өнімдері алынды. Зерттеу барысында сүтқышқылды өнімдерден 16 сүтқышқылды бактериялардың таза культуралары бөлініп алынды. Олардың антибиотикке төзімділіктері мен антимикробтық белсенділіктері зерттелді. Зерттеу нәтижесінде жоғары пробиотикалық белсенділікке ие 8 изолят анықталды. Белсенді изоляттар MALDI-TOF Biotyper Bruker масс-спектрометр көмегімен идентификацияланып, олардың Lactobacillus туыстығына жататын келесі түрлері екендігі белгілі болды: L.casei, L. paracasei, L. plantarum, L. rhamnosus, L. acidophylus, L. brevis, L. fermentum. Белсенді штаммдар (Lactobacillus caseid-3, Lactobacillus paracasei S-612, Lactobacillus plantarum S-106, Lactobacillus plantarum S-414, Lactobacillus rhamnosus S-811, Lactobacillus acidophylus S-1, Lactobacillus brevis S-2, Lactobacillus fermentum d-4) алкогольді сусынмен зақымдалған ішкі ағза қуыс мүшелерін қалпына келтіру үшін қолданатын пробиотикалық өнімге қажетті консорциум құру мақсатында таңдалып алынды.","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":"132 ","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-12-19","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139172309","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
ФИТОПАТОГЕННЫЕ ГРИБЫ РОДА PENICILLIUM SP. НА ТЮЛЬПАНАХ 青霉属植物致病真菌在土豆上
МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ Pub Date : 2023-12-19 DOI: 10.53729/mv-as.2023.04.14
N. N. Salybekova, А.К. Apushev, Bekmurod Yusupov, G. Kahraman, B.В. Toyzhigitova, A.Sh. Mambaeva
{"title":"ФИТОПАТОГЕННЫЕ ГРИБЫ РОДА PENICILLIUM SP. НА ТЮЛЬПАНАХ","authors":"N. N. Salybekova, А.К. Apushev, Bekmurod Yusupov, G. Kahraman, B.В. Toyzhigitova, A.Sh. Mambaeva","doi":"10.53729/mv-as.2023.04.14","DOIUrl":"https://doi.org/10.53729/mv-as.2023.04.14","url":null,"abstract":"Plant disease is a very complex pathological process. Phytopathogenic fungi occupy the main place among pathogenic microorganisms in plants. One of them is the causative agent of fungal disease – penicillosis. The purpose of the work is to determine the distribution and species composition of fungi of the genus Penicillium sp. The bioecological features of the causative agent of the disease affecting tulips grown in open and greenhouse conditions have been revealed. In related tulip species, surface infection prevailed over subepidermal infection. These types of fungi had a significant impact on the quality of the bulb, significantly reducing the germination and viability of the affected. The most affected exclusive variety was the type of Tulipa Dynasty and the most stable-Tulipa Delta Storm. The spread and development of the disease (P%) were determined by the wet chamber method, cultivation of Penicillium spon PDA (potato-dextrose agar), microscopic analysis, as well as PCR (polymerase chain reaction). The results of PCR analysis showed that tulips in greenhouse conditions are mainly affected by the fungi Talaromyces variabilis (Penicillium variabile), the prevalence of penicillosis averaged about 7-9% in the period from 2021 to 2022. As a result of the comparison, the type of strain was identified. The relevance of the names of fungi identified as a result of identification, and the correct spelling of the names of species was checked using the nomenclature of the Mycobank information base. Болезнь растений - очень сложный патологический процесс. Среди болезнетворных микроорганизмов, поражающих растения, основное место занимают фитопатогенные грибы. Одним из них является возбудитель грибковой болезни пенициллеза - Penicillium sp.. Цель работы- определение распространения и видового состава грибов рода Penicillium sp.. Выявлены биоэкологические особенности возбудителя заболевания, поражающего тюльпаны, выращенные в открытых и тепличных условиях. У родственных видов тюльпанов поверхностная инфекция преобладала над субэпидермальной. Эти виды грибов оказали значительное влияние на качество луковицы, значительно снизив всхожесть и жизнеспособность пораженных растений. Самым подверженным поражениям эксклюзивным сортом оказался вид Tulipa Dynasty, а самым устойчивым-Tulipa Delta Storm. Распространение и развитие болезни (Р%) определяли методом влажной камеры, культивированием Penicillium sp на КДА (картофельно-декстрозный агаре), микроскопическим анализом, а также ПЦР (полимеразная цепная реакция). Результаты ПЦР-анализа показали, что тюльпаны в тепличных условиях в основном поражаются грибами Talaromyces variabilis (Penicillium variabile), распространенность пенициллеза в среднем составляла 7-9 % в период с 2021 по 2022 годы. В результате сравнения установлен вид штамма. Актуальность названий грибов, выявленных в результате идентификации, правильное написание названий видов проверялись с помощью номенклатуры информационной базы Mycobank.","PeriodicalId":507045,"journal":{"name":"МИКРОБИОЛОГИЯ ЖӘНЕ ВИРУСОЛОГИЯ","volume":"71 6","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-12-19","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139171995","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
0
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
确定
请完成安全验证×
相关产品
×
本文献相关产品
联系我们:info@booksci.cn Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。 Copyright © 2023 布克学术 All rights reserved.
京ICP备2023020795号-1
ghs 京公网安备 11010802042870号
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术官方微信