{"title":"Fungi Determined in Ankara University Tandoğan Campus Area (Ankara-Turkey)","authors":"Ilgaz Akata, Deniz Altuntaş, Ş. Kabaktepe","doi":"10.23902/TRKJNAT.521256","DOIUrl":"https://doi.org/10.23902/TRKJNAT.521256","url":null,"abstract":"Bu calisma, Ankara Universitesi Tandogan Kampusu'nden (Ankara) 2017 ve 2019 yillari arasinda toplanan mantar ve enfekte olmus konukcu bitki orneklerine dayanmaktadir. Arazi ve laboratuvar calismalari sonucunda 148 mantar turu tespit edilmistir. Daha once bildirilen 14 tur dahil olmak uzere 17 ordo, 49 familya, 87 cinse mensup 162 tur listelenmistir.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"23 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.7,"publicationDate":"2019-04-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"89168241","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"Concise Review: β Cell Replacement Therapies in Treatment of Diabetes Mellitus","authors":"Ö. Somuncu, Umay Çelik, Büşra Ergün, E. Arpalı","doi":"10.23902/TRKJNAT.469530","DOIUrl":"https://doi.org/10.23902/TRKJNAT.469530","url":null,"abstract":"Glikoz aliminin metabolik orani, genellikle adacik hucrelerini ve insuline duyarli dokulari kapsayan bir geri bildirim mekanizmasi ile kontrol edilir. Insulin varliginda β hucreleri insulin uretimini artirarak standart glikoz toleransini korurlar. β-hucre disfonksiyonunda kalitsal bilesenlerin etkileri yuksek olsa da, cevresel degisikliklerin de onemli bir rol oynadigi gosterilmistir. Guncel arastirma yontemleri, insulin direnci ve β-hucre disfonksiyonunun olusmasinda heksozlarin, amino asitlerin ve yag asitlerinin etkilerinin varligini gostermekle birlikte, hucre fonksiyonunun asamali kaybini yavaslatmak icin daha etkili tedavilerin gerekliligini de gostermektedir. Klinik arastirmalardan elde edilen sonuclar diyabetin durdurulmasi ve tedavi edilmesi ve bu mudahalelerin olumsuz ozelliklerinden bazilari ile ilgili onemli bilgiler sunmaktadir. Birincil adacik hucreleri ile ayni sekilde calisan pankreatik endokrin hucrelerinin yeterli sayida uretilmesi, iyilestirilmesi icin hucre tedavilerinin genisletilmesi buyuk oneme sahiptir. Bu derlemede, adacik ve pankreas transplantasyonlarindan baslayip kok hucre teknolojisi ve biyomuhendislik odakli yeni tedavi tekniklerinin incelenmesine odaklandik. Adacik hucre kaybi icin tedavi perspektiflerinin kapsamli ve ayrintili bir aciklamasini yapmayi amacladik. Dolayisiyla bu inceleme, mevcut tedavileri ve gelecege dayali tedavileri aydinlatmak icin aciklayici bir potansiyel tasimaktadir.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"8 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.7,"publicationDate":"2019-02-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"80648275","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"Liver Cancer Stem Cells","authors":"R. Aktas","doi":"10.23902/TRKJNAT.486558","DOIUrl":"https://doi.org/10.23902/TRKJNAT.486558","url":null,"abstract":"Son yillarda yapilan arastirmalar; bircok tumorun az miktarda da olsa kok hucre benzeri ozellik iceren hucreler, bir diger degisle kanser kok hucreleri icerdigini gostermektedir. Kanser kok hucreleri ile ilgili arastirmalar ve buna bagli ortaya cikan son derece hizli gelismeler; gerek hekimlerin gerekse bilim insanlarinin bir diger onemli konu uzerinde yogun sekilde calismaya baslamalarina sebep olmustur: Kanser kok hucrelerini hedef alan yeni tedavi stratejilerinin gelistirilmesi. Bu alandaki arastirmalarin sonuclari; kanserin invazyonu, metastazi ve tekrarlamasini onlemede kanser kok hucrelerini hedef alan tedavi yaklasimlarinin son derece basarili olabilecegini ortaya koymaktadir. Karaciger kanseri; tum kanser turleri arasinda 5. sirada yer almaktadir. Kansere bagli olumlerde ise 3. sirada yer almaktadir. Hepatoselluler karsinomanin ilerlemesinde kanser kok hucrelerinin cok onemli rolu oldugu gosterilmistir. Karaciger kanser kok hucrelerinin tanimlanmasi, diger tumor hucrelerinden ayrilabilmesi ve bu hucreleri hedef alan yeni tedavi sekillerinin gelistirilebilmesi konularinda cok onemli gelismeler vardir. Bu derlemede; son yillarda bu alanlarda yapilan calismalar esas alinarak karaciger kanser kok hucrelerinin ozellikleri ve bu hucreleri hedef alan yeni tedavi yaklasimlari ozetlenmektedir.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"54 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.7,"publicationDate":"2019-02-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"74924580","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"Cancer Stem Cell Biology","authors":"S. Göktuna, Tieu-Lan Chau, Erta Xhafa","doi":"10.23902/trkjnat.483577","DOIUrl":"https://doi.org/10.23902/trkjnat.483577","url":null,"abstract":"Kanser tum dunyadaki olumlerin en onde gelen sebebi olma yolunda ilerlemektedir. Kansere karsi daha etkili tedavi secenekleri gelistirmek icin tumor gelisimi ve yayilmasinin cok daha iyi anlasilmasi gerekmektedir. Konuyla ilgili bilgilerimiz arttikca kanserin cok karmasik bir hastalik oldugu ve bu karmasikligin kismen ayni tumor kitlesinde dahi gorulebilen yuksek heterojenlik duzeyine bagli oldugu ortaya cikmaktadir. Bu nedenle, farkli hiyerarsilere yol acan tumor hucreleri arasindaki karmasik duzenleme ve etkilesimlerin acikliga kavusturulmasi icin artan bir ihtiyac soz konusudur. Tumor baslatan ve kendini yenileyen kok hucre kavramlari, monoklonal tumor gelisiminde gorulen cok sayidaki neslin ortaya cikisini aciklamak icin uzun zamandan beri ileri surulmektedirler. Artik gunumuzde cogu kanser tipinde bulunan kanser kok hucrelerinin tumor gelisimi ve yayilmasinda cok sayida rolleri oldugu bilinmektedir. Kanser kok hucrelerinin sahip olduklari pek cok ilginc ozellikleri, tumor hucresi plastisitesi, epitemezenkimal donusum ve kemoterapi direncindeki rollerinin acikliga kavusturulmasi ve yeni tedavi stratejilerinin gelistirilmesi icin daha da ilgi cekmektedir. Bu calismada kanser kok hucresi biyolojisi ile ilgili bildiklerimizde yasanan gelismeleri ortaya koyabilmek icin yapilan son calismalar ozetlenmistir.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"20 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.7,"publicationDate":"2019-02-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"84596636","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"Current Status of Germline Stem Cells in Adult Mammalian Ovary","authors":"E. Taylan, Y. Sugishita, Kenan Kirteke","doi":"10.23902/trkjnat.483495","DOIUrl":"https://doi.org/10.23902/trkjnat.483495","url":null,"abstract":"Disi ureme sistemi yaslanmasinin altinda yatan evrimsel ve biyolojik mekanizmalar uzun suredir ilgi ceken bir konu olmustur. Ureme biyolojisi konusunda calisan biyologlar, erkeklerde ileri yaslara kadar devam eden fertilite ile karsilastirildiginda disi yasaminda gorece olarak sinirli bir donemde gorulen fertilite konusunu aydinliga kavusturmaya calismaktadirlar. 50 yili askin bir suredir disilerin ovaryan folikul rezervini olusturan sabit sayida germ hucresi ile dunyaya geldiklerine inanilmaktadir. Ancak, son donemde arastiricilar memeli ovaryumlarinda dogum sonrasi oogenez varligini destekleyen ve ureme biyolojisi ile ilgili gunumuz bilgilerimizde degisime yol acan bulgular elde etmislerdir. Bu derleme calismasinda, ureme biyolojisindeki santral dogmalardan bir tanesi ile ilgili kisa bir tarihsel bilgi verilmis ve memeli ovaryumlarinda germ hatti kok hucrelerinin varligi ile ilgili son donem calismalari sunulmustur.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"85 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.7,"publicationDate":"2019-02-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"83575494","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"Stem Cell Treatment in Degenerative Retinal and Optic Nerve Diseases","authors":"N. Kahraman, A. Öner","doi":"10.23902/trkjnat.470563","DOIUrl":"https://doi.org/10.23902/trkjnat.470563","url":null,"abstract":"Retina hastaliklarinin tedavisinde kok hucrelerin kullanimi oftalmolojide yeni ve populer bir konudur. Embriyonik ve kemik iligi kaynakli kok hucreler tedavi icin kullanilabilir. Yasla bagli makula dejenerasyonu, Stargardt'in makula distrofisi ve retinitis pigmentosa, progresif gorme kaybina neden olan yaygin gorulen retina hastaliklaridir. Bu nedenle arastirmalar kok hucre tedavisinin etkinligini degerlendirmek icin herhangi bir kuratif tedavi modalitesine sahip olmayan bu hastaliklara odaklanmaktadir. Bu yayinda goz hastaliklarinda kok hucre tedavisi ile ilgili faz 1/2 klinik calismalarin sonuclarini incelemeyi amacladik. Kok hucre terapileri, retinal hastaliklarin tedavisinde yukselen bir trenddir ve tedavinin standardizasyonu, sonuclar hakkinda uzun vadeli veriler elde etmek ve komplikasyonlara iliskin daha ileri klinik calismalara ihtiyac vardir.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"100 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.7,"publicationDate":"2019-02-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"89676982","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"Hematopoietic Stem Cell Gene Therapy for Inherited Monogenic Diseases and Its Implications for Future Gene Therapy Trials in Turke","authors":"F. Aerts-Kaya, G. Esken, Özgür Doğuş Erol","doi":"10.23902/TRKJNAT.483402","DOIUrl":"https://doi.org/10.23902/TRKJNAT.483402","url":null,"abstract":"Kok hucre tedavisi rejeneratif tip ve restoratif tip alanlarinda yeni tedavilerin gelistirilmesi icin buyuk avantaj saglamaktadir. Boylelikle, kok hucre tedavilerinin kullanimi ve bunlarin klinik endikasyonlari hucrelerin genetik modifikasyonu ile gelistirilebilmektedir. Turkiye’deki akraba evlilik oraninin fazla olmasindan dolayi, yenidogan genetik kalitsal hastaliklarin insidasi artmaktadir ve bu durum bir sorun teskil etmektedir. Bu hastaliklarin tedavi edilmesi; 1) kirsal bolgelerde hastaligin siklikla gec teshisi, 2) Ozel merkezlerin uzak olmasi, 3) Tedavilerin sik hastane kontrolu gerektirmesi, 4) Tedavi prosedurlerinin hem pahali hem de invazif olmasi nedenleriyle zordur. Bu makalede nadir kalitsal monogenik hastaliklar icin hematopoetik kok hucre (HKH) gen tedavisinin guncel durumlari ve Turkiye’deki hastalar icin alternatif bir tedavi secenegi olarak kullaniminin avantajlari tartisilacaktir. Immun yetmezlikler, hemoglobinopatiler, bircok enzim eksikliklerinde retroviral ve lentiviral gen tedavi klinik calisma sonuclari, HKH gen tedavisi alanindaki yeni gelismeler, guvenlik ve etkinligin artirilmasi ve gelecekteki oneriler tartisilacaktir.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"391 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.7,"publicationDate":"2019-02-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"79706284","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"FITNESS AND PATHOGENICITY OF OUTBREAK CAUSING Salmonella UPON SHORT-TERM EXPOSURE TO GROUNDWATER WITH RESIDUAL ANTIBIOTICS","authors":"B. Haznedaroglu","doi":"10.23902/TRKJNAT.435384","DOIUrl":"https://doi.org/10.23902/TRKJNAT.435384","url":null,"abstract":"Bu calismada kalinti miktarda antibiyotik iceren yeralti sularina kisa sureli maruz birakilan uc Salmonella enterica subsp. enterica serotipinin hastalik yapici ozelliklerindeki degisiklikler ve hayatta kalabilme seviyeleri genel mikrobiyel fitnes cercevesinde incelenmistir. Serotipler gercek bir salgindan izole edilen kamcili dogal fenotip Salmonella enterica ser. Typhimurium , kamcisi fonksiyonel olmayan bir baska Salmonella enterica ser. Typhimurium susu ve kus turlerinde salgina yol acan dogal fenotip Salmonella enterica ser. Pullorum’dan olusup, iyon siddeti degisken (3-30 mM) ve kalinti miktarda antibiyotik iceren yeralti suyuna 6-24 saat surecince maruz birakilmistir. Serotiplerin hastalik yapici ozellikleri in vitro kosullarda HEp2 turu insan epitel hucre kulturleri kullanilarak olculmustur. Antibiyotik direnc seviyeleri ise yaygin kullanilan 10 antibitiyotige karsi disk difuzyon testi yardimiyla belirlenmistir. Deneyler sonucunda S. enterica ser. Typhimurium suslarinda antibiyotik direnc seviyelerinde az miktarda artis gozlenirken S. enterica ser. Pullorum susunda degisiklik gozlenmemistir. In vitro deneylerde ise suslarin HEp2 hucrelerini enfekte etmeleri zamanla once azalmis, 24 saatlik dilim sonunda ise artmistir. Sonuc olarak, kalitsal antibiyotik iceren yeralti sularina temas eden S. enterica serotiplerinin hastalik yapici karakterlerinin arttigi, antibiyotik direnc seviyelerinin susa bagli olarak degiskenlik gosterirken hayatta kalma oranlarinin yuksek oldugu gozlenmistir.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"77 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.7,"publicationDate":"2018-12-23","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"89162515","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
{"title":"SCREENING FOR ANTI-QUORUM SENSING AND ANTI-BIOFILM ACTIVITY IN Viscum album L. EXTRACTS AND ITS BIOCHEMICAL COMPOSITION","authors":"D. Erdönmez, Nihal Kenar, K. Türkmen","doi":"10.23902/TRKJNAT.369911","DOIUrl":"https://doi.org/10.23902/TRKJNAT.369911","url":null,"abstract":"Firsatci patojenik bakteriler, virulans ifadelerini koordine etmek icin Quorum Sensing (QS) sistemini kullanir. Dolayisiyla QS sistemi, bakteriyel enfeksiyonlarin kontrolu icin yeni bir yaklasim olarak tercih edilebilir. Bu calismanin amaci, 2 Gram-pozitif, 7 Gram-negatif patojenik bakteri uzerinde analiz edilen Viscum album L. bitkisinin govde, yaprak ve meyve gibi bolumlerine ait etanol, kloroform ve diklorometan:metanol ekstraktlarinin antimikrobiyal, anti-biyofilm ve anti-quorum sensing aktivitelerinin degerlendirilmesidir. Kullanilan bitki parcasi ekstraktina ve test mikroorganizmasina bagli olarak, 50-250mg/ml arasinda degisen konsantrasyonlarda ekstraklar test edildi. 50mg/ml’lik konsantrasyonda antimikrobiyal aktivite gorulmedigi icin anti-quorum sensing ve antibiyofilm calismalarinda bu konsantrasyon kullanilmistir. En iyi biyolojik aktivitenin goruldugu cozucunun ise diklorometan:metanol oldugu saptandi. Ekstraktlarin anti-quorum sensing aktiviteleri, Chromobacterium violaceum CV026 biyosensor susu ve sinyal molekulu N- (β-ketokaproil) -L-homoserin lakton (3-okso-C6-HSL)’nun bulundugu besiyerinde agar difuzyon deneyi kullanilarak da tespit edilmistir. Biyofilm, mikrotiter plaka testi ve kristal viyole kullanilarak olculmustur. Yaprak ve govde kisimlarinin antimikrobiyal, anti-biyofilm ve anti-quorum sensing aktivitesi, meyve ekstraktina gore daha yuksek verimlilik gostermistir. V. album ozutlerinin, biyofilm ya da QS inhibisyonu yoluyla mikrobiyal enfeksiyonlari tedavi etme potansiyeline sahip oldugu kanisina varilmistir.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"122 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.7,"publicationDate":"2018-10-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"87993664","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}