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茶カテキン類のC-6位またはC-8位におけるヒドロキシメチル化の反応性を高めるためには?―C-3位のガレート基導入効果の理論的研究― 如何提高茶儿茶素类C-6位或C-8位的羟基甲基化反应性?- C-3位伽莱托基引入效应的理论研究-
Journal of Chemical Software Pub Date : 2001-06-01 DOI: 10.2477/JCHEMSOFT.7.57
克浩 田村, 高利 松本, 雲兵 長嶋
{"title":"茶カテキン類のC-6位またはC-8位におけるヒドロキシメチル化の反応性を高めるためには?―C-3位のガレート基導入効果の理論的研究―","authors":"克浩 田村, 高利 松本, 雲兵 長嶋","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.7.57","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.7.57","url":null,"abstract":"茶カテキン類として知られているC-3位にガレート基をもつ(－)－エピカテキンガレートおよび(－ )－エピガロカテキンガレートは、ガレート基を持たない茶カテキン類と比べホルムアルデヒドのC-6位またはC- 8位における求電子置換反応の反応性が高いことが知られている。そのため本研究では5種類の茶カテキンのヒド ロキシメチル化反応について、半経験的分子軌道法による理論計算を行った。その結果、C-3位にガレート基を 導入することによりHOMOの振幅が反応位置（C-6位またはC-8位）で増加するため、ヒドロキシメチル化の反応性 が高まるという結果を得た。 茶カテキン類とホルムアルデヒドとの反応性を高めるためにはHOMOを不安定 化し、かつ反応位置でのHOMOの振幅を増大させる大きなπ電子系を持つ官能基の導入が有効であることが示唆さ れた。","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"1 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2001-06-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"122609751","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 1
生体分子の分子動力学シミュレーション (2) 応用 生物分子的分子动力学模拟(2)应用
Journal of Chemical Software Pub Date : 2001-03-01 DOI: 10.2477/JCHEMSOFT.7.1
勇人 古明地, 澄恵 田島, 誠 原口, 伸幸 高橋, 正巳 上林, 雲兵 長嶋
{"title":"生体分子の分子動力学シミュレーション (2) 応用","authors":"勇人 古明地, 澄恵 田島, 誠 原口, 伸幸 高橋, 正巳 上林, 雲兵 長嶋","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.7.1","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.7.1","url":null,"abstract":"分子動力学シミュレーションは、生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが一般に認められている。本総説では、筆者らが開発した生体分子解析用ソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules）を使って、タンパク質とDNAの分子動力学シミュレーションを行う場合の手続きを、実践的に解説する。","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"7 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2001-03-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"130929266","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 1
The Role of Heme in Monooxygenation Reaction Mechanism by Cytochrome P-450 血红素在细胞色素P-450单氧反应机制中的作用
Journal of Chemical Software Pub Date : 2000-09-30 DOI: 10.14827/JCCJ1999.12.195
M. Hata, R. Nishida, Norihito Ohmori, M. Tsuda
{"title":"The Role of Heme in Monooxygenation Reaction Mechanism by Cytochrome P-450","authors":"M. Hata, R. Nishida, Norihito Ohmori, M. Tsuda","doi":"10.14827/JCCJ1999.12.195","DOIUrl":"https://doi.org/10.14827/JCCJ1999.12.195","url":null,"abstract":"","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"5 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2000-09-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"124562035","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Development of a Neural Network Simulator for Structure-Activity Correlation of Molecules. Neco. (4). Sweet/Bitter Classification in Perillartine Derivatives. 分子构效关联神经网络模拟器的研制。尼哥。(4)紫苏衍生物的甜/苦分类。
Journal of Chemical Software Pub Date : 2000-09-15 DOI: 10.2477/JCHEMSOFT.6.115
田島 澄恵, 松本 高利, 長嶋 雲兵, 細矢 治夫, 青山 智夫
{"title":"Development of a Neural Network Simulator for Structure-Activity Correlation of Molecules. Neco. (4). Sweet/Bitter Classification in Perillartine Derivatives.","authors":"田島 澄恵, 松本 高利, 長嶋 雲兵, 細矢 治夫, 青山 智夫","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.6.115","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.6.115","url":null,"abstract":"分子構造によって甘味や苦みの性質を示す22種類のペリラルチン類の分類を３層のパーセプトロン型ニューラルネットをもちいて行った。入力パラメータとして、疎水性パラメータLogPと分子構造STERIMOLパラメータ５種のパラメータを用いると、非線形分類法の一つである３層のパーセプトロン型ニューラルネットで誤認識が全く無しに正しい分類学習が可能となる。入力層ニューロン数と出力層ニューロン数をそれぞれ、6と2としたとき、再構築学習法によって最小化された中間層ニューロン数は１となり、最小の中間層ニューロン数を持つ。逆に中間層ニューロン数を１と固定し、入力パラメータの数を最小化すると、LogPと分子の幅を示すSTERIMOLパラメータWrの合計２つだけで誤認識のない分類が可能であることがわかった。 STERIMOLパラメータの代わりに、分子構造の共通な骨格上の６原子の形式電荷とそれぞれの分子の最高占有軌道（HOMO）と最低非占有軌道(LUMO)エネルギーおよび両者の差(HOMO-LUMO Gap)を選択し、それらとLogPを入力パラメータとして用いた再構築学習の結果も中間層ニューロン数が１となった。この場合、甘味・苦味の分類には、LogPに加え、ペリラルチン類の６員環の２重結合に関わる炭素原子の電子状態が重要である。これはWrが重要であることに対応している。またLUMOエネルギーが重要であることがわかった。これは、甘味の発現には電子親和性の反応が関わっていることを示唆している。 分子軌道計算から得られる情報のみ、すなわち形式電荷とHOMO, LUMOエネルギーおよびHOMO-LUMO Gapを入力パラメータとした場合、中間層ニューロンの数は３となった。","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"362 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2000-09-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"115961403","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 7
生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法 生物分子的分子动力学模拟(1)方法
Journal of Chemical Software Pub Date : 2000-03-15 DOI: 10.2477/JCHEMSOFT.6.1
勇人 古明地, 正巳 上林, 雲兵 長嶋
{"title":"生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法","authors":"勇人 古明地, 正巳 上林, 雲兵 長嶋","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.6.1","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.6.1","url":null,"abstract":"分子動力学シミュレーションは、タンパク質やDNAなどの生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが認められている。本総説では、筆者らが開発したソフトウェアPEACH（Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules）に導入した機能を中心に、生体高分子の分子動力学シミュレーションの方法を概観する。","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"6 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2000-03-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"130167540","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 2
グラフの特性量のデータベース(Graphical Characteristics Data Base : GCDB)の開発 –Multi-Layered Cyclic Fence Graph と特性量– 图的特性量的数据库(Graphical Characteristics Data Base:GCDB)的开发——多周期稳定图和特性量
Journal of Chemical Software Pub Date : 1999-12-15 DOI: 10.2477/JCHEMSOFT.5.137
K. Hayashi, S. Fukuda, U. Nagashima, H. Hosoya
{"title":"グラフの特性量のデータベース(Graphical Characteristics Data Base : GCDB)の開発 –Multi-Layered Cyclic Fence Graph と特性量–","authors":"K. Hayashi, S. Fukuda, U. Nagashima, H. Hosoya","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.5.137","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.5.137","url":null,"abstract":"","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"37 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"1999-12-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"134379605","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
時間変化曲線解析プログラム「名称: KINE」の開発 时间变化曲线分析程序“名称:KINE”的开发
Journal of Chemical Software Pub Date : 1999-12-15 DOI: 10.2477/jchemsoft.5.173
博史 崎山
{"title":"時間変化曲線解析プログラム「名称: KINE」の開発","authors":"博史 崎山","doi":"10.2477/jchemsoft.5.173","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/jchemsoft.5.173","url":null,"abstract":"化学反応の速度論的解析を目的として，時間変化曲線解析プログラム「名称: KINE」を開発した。KINEは，平衡反応や並発反応等を含む25種類の反応パターンについて，初濃度と速度定数の入力によって時間変化曲線を求める。また，実測値に対して速度定数等最大８個のパラメーターを同時に最適化し，フィッティングを行なう。単純な一次反応および二次反応について誤差の見積りを行なったところ誤差は1％以内であり，全自動フィッティングでは98.9%以上の精度で速度定数が求められた。","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"3 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"1999-12-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"132244122","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
QTVR ( QuickTime Virtual Reality ) を用いた水素原子の原子軌道の動画表示 使用QTVR (QuickTime Virtual Reality)的氢原子的原子轨道动态显示
Journal of Chemical Software Pub Date : 1999-09-15 DOI: 10.2477/JCHEMSOFT.5.129
澄男 時田, 孝雄 杉山, 智嗣 近藤, 健 菊川
{"title":"QTVR ( QuickTime Virtual Reality ) を用いた水素原子の原子軌道の動画表示","authors":"澄男 時田, 孝雄 杉山, 智嗣 近藤, 健 菊川","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.5.129","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.5.129","url":null,"abstract":"原子軌道を対話的に動画表示する方法としてこれまで報告されていなかった QTVR (QuickTime Virtual Reality) と呼ばれるソフトウェアの利用を検討した．QTVR を用いると，これまでの方法に比較して小さなデータで表示が可能であり，能力の小さいパーソナルコンピューターでも動作した．このため，インターネットを通しての表示が容易であった．また，この方法では，原子軌道を手の上に載せて回すような感覚が得られた．さらに，複数の原子軌道を比較する時に最も適していることも明らかになった．","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"121 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"1999-09-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"116829926","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 6
スペクトル揺らぎを利用したプラスチックの近赤外反射スペクトルの特徴抽出（２）—反射強度が極端に平板な暗色プラスチックの近赤外反射スペクトル— 利用光谱波动提取塑料近红外反射光谱特征(2)—反射强度极平板的暗色塑料近红外反射光谱—
Journal of Chemical Software Pub Date : 1999-09-15 DOI: 10.2477/JCHEMSOFT.5.103
光永 小野寺, 雲兵 長嶋, 澄恵 加藤, 治夫 細矢, 成志 後藤, 敏男 天野, 和俊 田辺, 博亨 上坂
{"title":"スペクトル揺らぎを利用したプラスチックの近赤外反射スペクトルの特徴抽出（２）—反射強度が極端に平板な暗色プラスチックの近赤外反射スペクトル—","authors":"光永 小野寺, 雲兵 長嶋, 澄恵 加藤, 治夫 細矢, 成志 後藤, 敏男 天野, 和俊 田辺, 博亨 上坂","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.5.103","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.5.103","url":null,"abstract":"暗色のプラスチックの近赤外反射スペクトルは、反射強度の違いが極端に小さく、平板なスペクトルしか得られないが、そのような暗色のプラスチックの平板な近赤外反射スペクトルを用いても、高速フーリエ変換FFTによる1/f揺らぎ解析により、高速かつ実用上十分な精度でプラスチックを分類できることがわかった。","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"26 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"1999-09-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"115183394","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
引用次数: 2
半経験的分子軌道法によるベンゼン—一置換ベンゼン間相互作用のエンタルピーの計算．ＧＬＰＣで求めた実験値との関係 半经验分子轨道法的苯—一取代苯间相互作用的焓的计算。与GLPC得出的实验值的关系
Journal of Chemical Software Pub Date : 1999-06-15 DOI: 10.2477/JCHEMSOFT.5.81
忠 遠藤, 貴広 飯田, 暢英 古谷, 山田 由美子, 眞人 伊藤
{"title":"半経験的分子軌道法によるベンゼン—一置換ベンゼン間相互作用のエンタルピーの計算．ＧＬＰＣで求めた実験値との関係","authors":"忠 遠藤, 貴広 飯田, 暢英 古谷, 山田 由美子, 眞人 伊藤","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.5.81","DOIUrl":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.5.81","url":null,"abstract":"","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"257 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"1999-06-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"124034094","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
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