Céline Carillier-Jacquin, H. Larroque, C. Robert-Granié
{"title":"Vers une sélection génomique chez les caprins laitiers","authors":"Céline Carillier-Jacquin, H. Larroque, C. Robert-Granié","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2228","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2228","url":null,"abstract":"La sélection génomique, qui a révolutionné la sélection génétique des bovins laitiers notamment, est désormais envisagée dans d’autres filières animales. Chez les caprins laitiers français, le gain de précision attendu des valeurs génomiques était un des questionnements de la filière en raison de la petite taille de la population de référence disponible (825 mâles et 1945 femelles génotypés sur une puce SNP 50K). Le but de cette étude est de tester différentes techniques d’évaluation génomique afin d’obtenir les évaluations génomiques les plus précises possibles. Une étude de la structure génétique de la population de référence caprine constituée d’animaux de races Saanen et Alpine, a révélé de faibles niveaux de déséquilibre de liaison (0,17 entre deux SNP consécutifs), de consanguinité et de parenté au sein de la population, ce qui n’est pas favorable à une bonne précision des évaluations génomiques. Les méthodes d’évaluations génomiques (GBLUP ou Bayésiennes), basées sur des performances pré-corrigées n’ont pas permis une amélioration significative des précisions des évaluations génomiques pour les caractères évalués en routine (caractères de production, de morphologie et comptages de cellules somatiques). Cependant les évaluations génomiques basées sur les performances propres des femelles ont permis d’obtenir des précisions supérieures à celles obtenues sur ascendance. La sélection génomique est donc envisageable chez les caprins laitiers français. Ces précisions peuvent également être légèrement augmentées par l’inclusion de gènes majeurs tels que celui de la caséine αs1.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-18","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"43567957","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
F. Phocas, Catherine Belloc, J. Bidanel, L. Delaby, J. Dourmad, B. Dumont, P. Ezanno, L. Fortun-Lamothe, Gilles Foucras, B. Frappat, Eliel González-García, D. Hazard, C. Larzul, S. Lubac, S. Mignon-Grasteau, Carole Moreno-Romieux, M. Tixier-Boichard, M. Brochard
{"title":"Quels programmes d’amélioration génétique des animaux pour des systèmes d’élevage agro-écologiques ?","authors":"F. Phocas, Catherine Belloc, J. Bidanel, L. Delaby, J. Dourmad, B. Dumont, P. Ezanno, L. Fortun-Lamothe, Gilles Foucras, B. Frappat, Eliel González-García, D. Hazard, C. Larzul, S. Lubac, S. Mignon-Grasteau, Carole Moreno-Romieux, M. Tixier-Boichard, M. Brochard","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2232","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2232","url":null,"abstract":"L’agro-écologie utilise les processus naturels et les ressources locales plutôt que des intrants chimiques pour assurer la production tout en limitant l’impact environnemental de l’agriculture. A cette fin, des innovations en génétique sont nécessaires pour disposer d’animaux productifs et adaptés à des contextes locaux variés. Pour toute filière d’élevage, réorienter les programmes de sélection actuels semble plus utile que développer des programmes spécifiques qui peineront à être efficaces en termes de coûts et de progrès génétiques attendus. Améliorer la robustesse des animaux vise à promouvoir leurs capacités d’adaptation en intégrant de nombreux critères de sélection, en particulier de reproduction, santé, et d’adaptation à des ressources alimentaires peu digestibles et au changement climatique. Cela amène à considérer les interactions génotype-environnement dans la prédiction des valeurs génétiques et à évaluer les performances des animaux dans des systèmes à bas intrants pour sélectionner ceux qui sont adaptés à des conditions limitantes. La standardisation tant des animaux que des conditions d’élevage paraît antinomique avec les principes de l’agro-écologie prônant une adaptation des animaux aux ressources et contraintes locales dans des systèmes peu artificialisés et très liés à leur environnement physique. Il n’y a donc pas UN animal type agro-écologique, mais DES animaux aux profils variés permettant de répondre aux attentes de l’agro-écologie. Face à la diversité des milieux et des systèmes d’élevage, il faut conserver une diversité génétique importante intra-race, mais aussi préserver la diversité génétique entre races. Cela nécessite une caractérisation phénotypique et génétique des races locales. Enfin, il s’agit de favoriser l'appropriation par les éleveurs et les techniciens d’élevage des outils et des ressources génétiques disponibles pour répondre à leurs besoins.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-14","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"42407375","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
C. Ducrot, D. Fric, Anne-Christine Lalmanach, Véronique Monnet, P. Sanders, Catherine Schouler
{"title":"Perspectives d’alternatives thérapeutiques antimicrobiennes aux antibiotiques en élevage","authors":"C. Ducrot, D. Fric, Anne-Christine Lalmanach, Véronique Monnet, P. Sanders, Catherine Schouler","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2234","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2234","url":null,"abstract":"Les principes, contraintes et questions de recherche relatifs à plusieurs perspectives d’alternatives thérapeutiques aux antibiotiques sont présentés. Différentes approches telles que la phytothérapie et la phagothérapie, basée sur l’activité lytique des phages infectant les bactéries, sont anciennes mais leur utilisation pratique nécessiterait des recherches complémentaires en matière de qualité, efficacité et sécurité ainsi que des évolutions réglementaires. D’autres approches sont plus récentes et requièrent de poursuivre des travaux de recherche avant d’envisager leur application sur le terrain. C’est le cas notamment des peptides de défense de l’hôte, molécules de l’immunité innée produites essentiellement par les cellules épithéliales et phagocytes, qui ont une activité antimicrobienne à large spectre et un pouvoir de régulation de l’immunité. Il y a peu de développement industriel lié à des difficultés techniques, malgré le grand nombre de peptides candidats. Une autre approche concerne le « quorum sensing », lié à la sécrétion de molécules de signalement par les bactéries, qui permet des changements coordonnés chez les bactéries présentes au-delà d’un certain seuil, notamment la production de facteurs de virulence ou de biofilms. Le blocage de ces mécanismes, ou « quorum quenching », pourrait permettre de réguler ces propriétés.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-14","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"42072618","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Carole Moreno-Romieux, G. Sallé, P. Jacquiet, A. Blanchard, Caroline Chylinski, J. Cabaret, D. François, M. Saccareau, J. Astruc, Jean-Christophe Bambou, N. Mandonnet
{"title":"La résistance génétique aux infections par les nématodes gastro-intestinaux chez les petits ruminants : un enjeu de durabilité pour les productions à l’herbe","authors":"Carole Moreno-Romieux, G. Sallé, P. Jacquiet, A. Blanchard, Caroline Chylinski, J. Cabaret, D. François, M. Saccareau, J. Astruc, Jean-Christophe Bambou, N. Mandonnet","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2231","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2231","url":null,"abstract":"La résistance génétique des petits ruminants aux infestations par les nématodes gastro-intestinaux (strongles) peut être sélectionnée puisqu’elle est mesurable indirectement par le comptage d’oeufs dans les fèces, héritable et génétiquement peu ou pas corrélée aux autres critères de sélection. La mise en place d’une telle sélection dans les schémas nécessitera la création de plateformes permettant de faire face au nombre de mesures à réaliser et imposera le suivi de l’évolution de la communauté de nématodes afin de prévenir un contournement potentiel de la résistance de l’hôte par les parasites. La meilleure pratique pour éviter ce contournement est de considérer la résistance génétique comme un levier d’action à intégrer à d’autres stratégies (la nutrition, la gestion des prairies et les traitements anthelminthiques). \u0000 ","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-14","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"67758776","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
A. Ducos, B. Bed'hom, Herve Acloque, Bertrand Pain
{"title":"Modifications ciblées des génomes : apports et impacts pour les espèces d’élevage","authors":"A. Ducos, B. Bed'hom, Herve Acloque, Bertrand Pain","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2226","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2017.30.1.2226","url":null,"abstract":"L’avènement des nucléases programmables, et de CRISPR-Cas9 en particulier, constitue une réelle rupture technologique dans le domaine de l’ingénierie génétique. Le principe de ces méthodes est relativement simple. Il consiste en premier lieu à générer des cassures double-brin au niveau de régions très précises d’une séquence cible (ADN d’une cellule somatique, germinale, embryonnaire, iPS...). Ces cassures sont ensuite réparées par des mécanismes cellulaires pouvant conduire à l’inactivation des régions modifiées (knock-out, ou KO), ou à l’insertion, par recombinaison homologue, d’un fragment de séquence modèle apporté à la cellule (knock-in, ou KI). Les domaines d’application de ces techniques sont très nombreux : recherche fondamentale, thérapie génique, ingénierie écologique, biotechnologies industrielles, agriculture, etc. Elles ont d’ores et déjà été utilisées à de multiples reprises dans les espèces animales d’élevage. Des exemples d’applications visant à améliorer la santé des animaux (induction de résistances pour des maladies infectieuses à fort impact économique, et/ou à fort potentiel zoonotique), à éviter des pratiques d’élevage compromettant le bien-être animal (écornage, élimination systématique de poussins mâles), ou à modifier les produits (lait, œufs, viande) dans le but d’améliorer leur valeur santé (réduction des allergies), ou nutritionnelle, sont présentés. Le déploiement de ces méthodes soulève de multiples questions (techniques, réglementaires, économiques, éthiques...) qui sont discutées.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-14","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"45374120","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
Séverine Parois, M. Bonneau, P. Chevillon, C. Larzul, N. Quiniou, A. Robič, A. Prunier
{"title":"Odeurs indésirables de la viande de porcs mâles non castrés : problèmes et solutions potentielles","authors":"Séverine Parois, M. Bonneau, P. Chevillon, C. Larzul, N. Quiniou, A. Robič, A. Prunier","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2206","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2206","url":null,"abstract":"La présence d’odeurs indésirables dans la viande de porcs mâles entiers est principalement liée à l’accumulation d’androsténone et de scatol. L’androsténone est synthétisée par les testicules et le scatol par les bactéries du colon à partir du tryptophane. Leur teneur dans le tissu adipeux résulte du bilan entre leur synthèse, leur élimination et leur réabsorption. Le principal levier d’action pour réduire la teneur en androsténone est la sélection génétique. Pour le scatol, les principaux leviers d’action concernent la conduite d’élevage : propreté des cases, gestion de l’environnement microclimatique et conduite alimentaire, notamment. La mixité des groupes et l’instabilité sociale ont peu d’impact sur les teneurs en composés odorants, mais sont importantes à contrôler pour réduire les risques de bagarres et de lésion. Même en réduisant fortement la teneur en composés odorants, il ne sera pas possible d’obtenir des niveaux indétectables sur toutes les carcasses. Une stratégie d’utilisation des carcasses odorantes de porcs mâles entiers doit être définie. Elle implique de comprendre les facteurs de rejet des viandes odorantes par les consommateurs. La perception d’odeurs sexuelles dépend de facteurs liés à l’animal, au type de produit, au mode de préparation/consommation et au consommateur lui-même. De plus, les deux molécules odorantes semblent interagir. La prise en compte des différents cas de figure peut être envisagée par une approche de modélisation, avec en préalable la mise en œuvre d'une détection des odeurs sur la chaine d’abattage. Or actuellement, seule la détection par le nez humain est opérationnelle au niveau des chaines d’abattage et des méthodes instrumentales restent à développer.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-11","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"43993208","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
M. Nozières, Virginie Baritaux, C. Couzy, M. Dervillé, C. Perrot, P. Sans, G. You
{"title":"Transformations des filières françaises de produits carnés et laitiers : la place des éleveurs en question","authors":"M. Nozières, Virginie Baritaux, C. Couzy, M. Dervillé, C. Perrot, P. Sans, G. You","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2221","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2221","url":null,"abstract":"Cette synthèse propose une analyse des grandes transformations des filières de produits carnés et laitiers pour comprendre quelle y est la place des éleveurs. Elle s’appuie sur une recherche bibliographique ainsi que sur des cas d’études concernant les transformations de ces filières. Dans un premier temps, nous dégageons les principaux mouvements en matière de demande des produits laitiers et carnés. Dans un second temps, nous examinons les recompositions très fortes au sein des filières sous l’effet de la libéralisation des marchés : concentration, contractualisation. Puis, le troisième temps analyse la place des éleveurs dans ces transformations, en particulier dans la structuration des filières et la segmentation de l’offre à destination des consommateurs.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-11","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"46505524","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
G. Bigot, C. Vial, G. Fleurance, Pascale Heydemann, R. Palazon
{"title":"Productions et activités équines en France : quelles contributions à la durabilité de l’agriculture ?","authors":"G. Bigot, C. Vial, G. Fleurance, Pascale Heydemann, R. Palazon","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2205","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2205","url":null,"abstract":"Le cheptel équin français est estimé à 1 million de têtes, ce qui le place toutefois, loin derrière les cheptels de bovins et d’ovins. Les poneys et chevaux de selle pour le sport et les loisirs équestres représentent les 2/3 des effectifs. Le seul secteur des courses réalise un chiffre d’affaire de l’ordre de 10 milliards d’euros. Quelle que soit l’orientation (élevage, pension, entraînement, centre équestre…), la présence d’équins dans les structures est principalement motivée par la passion des dirigeants pour cet animal, si bien que la limite entre loisir et activité productive n’est pas toujours claire. Cet aspect influe sur l’atomisation de la filière, le temps consacré aux animaux et les objectifs économiques des exploitants, ainsi que sur leur perception par le reste du monde agricole. Cette motivation peut néanmoins expliquer, pourquoi les productions et activités équines sont présentes sur tout le territoire national où elles contribuent à l’image et à l’attractivité des zones rurales et suburbaines. Les spécificités intrinsèques de cet herbivore lui permettent de valoriser des surfaces en herbe non exploitables par les bovins ou en complément de ceux-ci. La présence de chevaux contribue ainsi à la préservation de ressources naturelles et de la biodiversité. L’illustration des différents impacts - économiques, sociaux et environnementaux - des productions et activités équines dans le secteur agricole devrait contribuer à une meilleure lisibilité de cette filière par la profession agricole et ses interlocuteurs publics permettant ainsi son intégration dans les stratégies d’évolution de l’agriculture vers plus de durabilité.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-11","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"45769004","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}
E. Delanoue, A. Dockes, Alyzée Chouteau, C. Roguet, Aurore Philibert
{"title":"Regards croisés entre éleveurs et citoyens français : vision des citoyens sur l’élevage et point de vue des éleveurs sur leur perception par la société","authors":"E. Delanoue, A. Dockes, Alyzée Chouteau, C. Roguet, Aurore Philibert","doi":"10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2203","DOIUrl":"https://doi.org/10.20870/PRODUCTIONS-ANIMALES.2018.31.1.2203","url":null,"abstract":"Le regard que la société française porte sur l’élevage évolue du fait des transformations sociales et de l’évolution importante des systèmes de production. Face à ces enjeux, différents travaux d’analyse des points de vue des acteurs de l’élevage, des filières et de la société ont été conduits sur l’élevage et les remises en cause dont il fait l’objet. Une analyse sociohistorique permet de souligner l’ancrage historique de ces préoccupations et leurs évolutions. A partir d’enquêtes qualitatives et quantitatives et d’un cadrage théorique en sociologie des controverses, nous montrons, d’une part, que les attentes des citoyens envers l’élevage sont variées mais qu’une sensibilité envers le bien-être des animaux est en passe de se généraliser, et d’autre part, que ces attentes sociétales commencent à être considérées sérieusement par le monde de l’élevage dans l’adaptation de ses pratiques. Cinq visions pour l’élevage de demain, portées par différents profils d’acteurs, coexistent : les abolitionnistes, les alternatifs, les progressistes, les compétiteurs et les indifférents. Les stratégies des filières pour répondre à ces préoccupations sociales et améliorer les relations entre la société et l’élevage dans sa globalité passent par la mise en œuvre de chartes de bonnes pratiques ou de démarches de démarcation sur le mode de production. Plus globalement, cet article illustre l’intérêt du recours aux méthodes et concepts de la sociologie des controverses pour comprendre les débats autour de l’élevage et nourrir la réflexion des acteurs sociaux impliqués.","PeriodicalId":56155,"journal":{"name":"Inra Productions Animales","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.6,"publicationDate":"2018-06-11","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"41626594","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":4,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}