Journal of the Institute of Science and Technology最新文献

{"title":"Tetrasiklin Antibiyotikleri ve Bromelain Enzimi Arasındaki Etkileşimlerin Kenetleme Araçları Kullanılarak İncelenmesi","authors":"Gülgün Aylaz","doi":"10.21597/jist.1306563","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1306563","url":null,"abstract":"Bromelain, extracted from the stem of the pineapple, is a complex enzyme used for different purposes. Bromelain supplements are often used to facilitate digestion, improve the circulatory system and relieve arthritis symptoms due to its pain relief. However, in some cases where there is a risk of antibiotic use or bleeding, the use of bromelain or direct consumption of pineapple should be limited. For this purpose, this study was carried out to show the mechanism by which the antibiotic bromelain interaction occurs. Firstly, the bromelain molecule and demeclocycline, minocycline, and tetracycline antibiotics were prepared in the UCSF Chimera visualizing program. The interactions were monitored in the Auto Dock Molecular Modelling Toolkit molecular modeling program. The free binding energies of these interactions were also calculated in Auto Dock. According the molecular modelling results, bromelain and demeclocycline, minocycline, tetracycline antibiotics were interact with hydrogen bonds and hydrophobic interactions. These interactions between bromelain and antibiotics were energetically favorable based on free binding energy calculations.","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"48 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-17","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139350281","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Inhibition effect of Gly-Arg-Gly-Asp-Ser (GRGDS) and Arg-Gly-Asp (RGD) Bioactive Peptides on Angiotensin-Converting Enzyme Activity Purified from Human Serum","authors":"Resul Adanaş, V. Türkoglu, Zehra Bas","doi":"10.21597/jist.1312143","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1312143","url":null,"abstract":"Angiotensin-converting enzyme (ACE, EC 3.4.15.1) is a physiological target for researching new antihypertensive drugs, as it is a substantial enzyme in the regulation of blood pressure. Herein, ACE was purified from human serum with affinity chromatography. Vmax and KM values were found as 60.98 (µmol/min)/mL and 0.34 mM, respectively. The effects of Gly-Arg-Gly-Asp-Ser (GRGDS) and Arg-Gly-Asp (RGD) bioactive peptides on purified ACE were researched. Also, captopril, a specific ACE inhibitory, was used as a reference inhibitor. Bioactive peptides, GRGDS and RGD, demonstrated the inhibitory effect on purified ACE with IC50 values of 46.39 µM and 456.46 µM, respectively. Ki values and kind of inhibition for GRGDS and RGD by the Lineweaver-Burk chart were found. The kind of inhibitory for these bioactive peptides was calculated as reversible-competitive inhibitory. Ki values for GRGDS and RGD were obtained as 93.28 µM and 435.67 µM, respectively. The IC50 value of captopril was designated as 1.57 nM. The inhibitory kind of captopril was designated as reversible non-competitive inhibitory and the Ki value was 0.99 nM. In this study, it was concluded that RGD and GRGDS bioactive peptides have the potential to be utilized as ACE inhibitors.","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"36 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-17","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139350223","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Screening of Inhibitory Effects Lanosterol on Butyrylcholinesterase, Acetylcholinesterase and Carbonic Anhydrase Enzymes","authors":"E. Üç","doi":"10.21597/jist.1308662","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1308662","url":null,"abstract":"In this study, for the first time, the antiglaucoma and anticholinergic properties from lanosterol were appraised and researched using different bioanalytical methods and compared with standards. Lanosterol is the compound from which entire fungal and animal steroids are derived. Moreover, is a tetracyclic triterpenoid. Lanosterol is a component in over-the-counter ophthalmic products to prohibit cataracts. The inhibition effects of lanosterol were tested against the butyrylcholinesterase (BChE), carbonic anhydrase I and II (CA I and II) and acetylcholinesterase (AChE), which are associated with some global diseases like Alzheimer’s disease (AD) and glaucoma. Lanosterol were trialed for the inhibition of BChE, AChE, hCA I and II enzymes and indicated efficient inhibition profiles with Ki values in the range of 61.77±22.32 nM against hCA I, 101.11±49.74 nM against hCA II, 2.03±1.21 nM against acetylcholinesterase and 8.39±2.92 nM against butyrylcholinesterase.","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-16","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139350421","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Anamur, Bozyazı ve Aydıncık (Mersin-Türkiye)’daki Bazı Doğal Sit Alanlarının Flora ve Genel Vejetasyon Yapısının İncelenmesi","authors":"A. Tel, İshak Ortaç, Ergün Özuslu, Ahmet İlçi̇m","doi":"10.21597/jist.1313399","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1313399","url":null,"abstract":"Bu araştırma Mersin (Türkiye) ili Anamur, Bozyazı ve Aydıncık ilçelerinde bulunan Anamur - Melleç Kaledranı, Dragon Çayı - Pullu Orman Kampı arası ve Mamure Kalesi, Arsinoe Antik Kenti, Bozyazı Melenia ve Tekeli Bozyazı doğal sit alanlarının floristik ve genel vejetasyon yapısını belirlemek amacıyla 2014-2016 yıllarında gerçekleştirilmiştir. Araştırmada toplam 53 familya ve 117 cinse ait 135 takson tespit edilmiş olup toplam 221 lokalitede temsil edildiği görülmüştür. Tespit edilen bitkilerin alanlara göre dağılımı; Anamur - Melleç Kaledran 50, Dragon Çayı - Pullu Orman Kampı arası ve Mamure Kalesi 88, Arsinoe Antik Kenti 41, Bozyazı Melenia 15, Tekeli Bozyazı’da 27 takson tespit edilmiştir. Bu araştırmada 3 adet endemik bitki taksonu tespit edilmiştir. IUCN kriterlerine göre, \"nesli tehlike altında\" şeklinde değerlendirilen endemik taksonlar: Aristolochia brevilabris Bornm, Muscari babachii Eker & Koyuncu (Kritik- CR), Onopordum boissierianum Raab–Straube & Greuter’dir. Alanda bulunan nadir bitki türleri; Dianthus polycladus Boiss. ve Pancratium maritimum L. türleridir. Endemizm oranı 2.22’dir. Bitkilerin fitocoğrafik bölgelere göre dağılımı: 1 takson Avrupa-Sibirya (%0.70), 4 takson İran-Turan (%2.96), 26 takson Geniş Yayılışlı (%19.25), 54 takson fitocoğrafik bölgesi bilinmeyen (%40.00) ve 50 takson Akdeniz (Doğu Akdeniz dahil) (%37.03) elementi olduğu belirlenmiştir. İlgili alanların sintaksonomik karakter türleri belirtilmiştir. Çalışma alanlarının tamamında Quercetea İlicis, Cisto-Micromerietea ve Quercetea Pubescentis sınıflarının karakter türlerine rastlanılmış olup, sadece Dragon Çayı - Pullu Orman Kampı arası ve Mamure Kalesinde diğerlerinden farklı olarak Querco-Fagetea vejetasyon sınıfına ait karakter türlerin olduğu belirlenmiştir.","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"141 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-16","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139350439","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Gauss, Mean and Total Curvature Formulae of Rational Bezier Curves in Minkowski 4-Space","authors":"Filiz Ertem Kaya","doi":"10.21597/jist.1243458","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1243458","url":null,"abstract":"In this paper Gaussian, Mean and total curvature formulae of Rational Bezier Curves with asymptotic frame field are calculated by using its curvatures in 3- dimensional lightlike cone in Minkowski 4- Space. Our main intention is to introduce and investigate some differential geometric properties of the the Rational Bezier Curves with asymptotic frame field in 3- dimensional lightlike cone in Minkowski 4- Space by using its curvatures.","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"170 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-14","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139350755","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Anadolu Mandalarında Vücut Kondisyonu Değerlendirme Standardının Oluşturulması","authors":"Onur Şahi̇n, Önder Bayram Çoban, M. Soysal","doi":"10.21597/jist.1329192","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1329192","url":null,"abstract":"Bu çalışma, sığırlarda yaygın şekilde kullanılan değerlendirme yöntemini Anadolu mandasına uyarlanmak suretiyle mandalar için kullanılabilir bir değerlendirme sisteminin oluşturulması ve vücut kondisyonu açısından mevcut durumun belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Çalışmanın materyalini 128 işletme ve bu işletmelerde yetiştirilen 614 baş manda ineği oluşturmuştur. Verilerin hazırlanması amacıyla Microsoft Excel programı, istatistiki değerlendirilme için SPSS 20.0 sürümünden faydalanılmıştır. Vücut kondisyonu değerlendirmesi sonucunda manda ineklerinin omurga (O), kaburga (K), kısa kemikler (KK), leğen kemiği (LK), but bölgesi (BB), oturak yumrusu (OY), kuyruk sokumu (KS), uyluk (U) kondisyonları ve genel vücut kondisyonu sırasıyla, 6.12 puan, 5.73 puan, 5.10 puan, 5.65 puan, 5.69 puan, 5.25 puan, 4.92 puan, 5.10 puan ve 5.51 puan olarak tespit edilmiştir. Genel vücut kondisyonu (GVK) ile O, K, KK, LK, BB, OY, KS ve U özellikleri arasında pozitif yönlü, yüksek ve önemli (p","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"53 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-12","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139350837","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Gama ile Işınlanmış Klorpropamid ve Prokainamid Hidroklorür İlaç Hammaddelerinde Oluşan Serbest Radikallerin EPR Spektroskopisi ile Tanımlanması","authors":"Kerem Sütçü, Yunus Emre Osmanoğlu","doi":"10.21597/jist.1302560","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1302560","url":null,"abstract":"In this study, it was aimed to determine the structural properties of free radicals formed by gamma irradiation in chlorpropamide and procainamide hydrochloride drug raw materials, which are widely used in medicine, by using electron paramagnetic resonance spectroscopy. As a result of gamma irradiation, it was determined that two different radicals were formed in both chlorpropamide and procainamide hydrochloride samples. It was suggested that –NĊH-, -NCH2ĊH2- and –NĊH-, -NĊHCH2- radicals were formed in chlorpropamide and procainamide hydrochloride samples, respectively. The simulated spectra closest to the experimental spectra recorded at room temperature of the samples studied in powder form were obtained using simulation software. The contributions of the proposed radicals to the experimental spectra were calculated. The g values of the obtained radicals and the hyperfine structure constants of the unpaired electrons were calculated.","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"1 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-12","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139350843","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Development of Galactose Biosensor Based on Ruthenium Mediator Complex","authors":"Erhan Canbay, Şevval Kundakçi, Ezginur Yildiz, Zeynep ÇELİK CANBAY, Serçin Doğan, Erol Akyilmaz","doi":"10.21597/jist.1321228","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1321228","url":null,"abstract":"Galaktoz seviyesinin ölçümü, galaktozemi ve galaktoz intoleransı açısından klinik önem taşır. Özellikle yenidoğanlarda hemen tespit edilmemesi ölümcül sonuçlar doğurabilir. Teşhis konduktan sonra da galaktozun diyetten çıkarılması gerekir. Dolayısıyla hem kan hem de diyette özellikle süt ve süt ürünlerinde galaktozun tayini büyük önem taşır. Literatür verilerinde galaktoz tayini için geliştirilen yöntemler spektrofotometre, kromatografi, kütle spektrometresi gibi ön işlem ve pahalı ekipman gerektiren, zaman alıcı ve nispeten yavaş yöntemlerdir. Bu çalışmanın amacını da galaktoz tayini için hızlı, spesifik, ucuz elektrokimyasal bir biyosensör sistemi geliştirilmesi oluşturmaktadır. Biyokomponent olarak Galaktoz Oksidaz (GaOX) enzimi kullanılan bu çalışmada, çalışma elektrodu olarak Rutenyum mediyatör kompleksi içeren karbon pasta elektrot kullanılmıştır. GaOX enzimi pasta yapısı içerisinde immobilize edilmiştir. Çalışmanın özgünlüğünü pasta yapısı içerisinde kullanılan Rutenyum mediyatör sisteminin kullanılması oluşturmaktadır. Elektrot yapım aşamaları döngüsel voltammetri (CV) yöntemiyle karakterize edilirken, optimizasyon ve karakterizasyon çalışmaları 0&0.9 V arası DP, ve 0.5 V’ta amperometrik ölçümler yoluyla gerçekleştirilmiştir. Çalışmalarda ayrıca çalışma tamponu içerisinde 1 mM p-benzokinon mediyatör sistemi kullanılmıştır.Optimizasyon çalışmaları sonu optimum pH 6,5, optimum sıcaklık ise 30 oC olarak bulunmuştur. Geliştirilen biyosensörün doğrusal tayin aralığı 0.05 – 1 mM arası bulunurken, tekrarlanabilirliği 0.25 mM galaktoz için ortalama 0.24 mM, standart sapma ± 0.021 ve varyasyon katsayısı (%VK) %8,3 olarak bulunmuştur. Girişim etkisi denemesinde herhangi bir girişim gözlenmemiştir. Örnek denemesi liyofilize serum ve laktozsuz süt örneklerinde yapılmış ve % geri elde hesaplanmıştır. Bu projede kullanılan Rutenyum mediyatör kompleksinin biyosensör yapımında kullanılmasına literatürde çok az rastlanılmış olmakla birlikte bu çalışmayla ilk defa bir galaktoz biyosensöründe ve ilk defa bir karbon pasta elektrotla kullanımı gerçekleştirilmiştir.","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"19 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-11","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139351029","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Van Balığı (Alburnus tarichi (Güldenstädt, 1814))’nın Sindirim Kanalı Üzerinde Histomorfolojik Çalışma","authors":"Burcu Ergöz, A. Oğuz","doi":"10.21597/jist.1297242","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1297242","url":null,"abstract":"Van balığı, Van Gölü havzasına endemik Cyprinidae familyasında yer alan anadrom bir balıktır. Balık beslenme ve büyümesini gerçekleştirdiği Van Gölü’nden nisan-temmuz aylarında göle dökülen akarsulara giriş yapar. Bu sucul ortamlarda balığın beslenme davranışlarında farklılık gözlenir. Bu çalışmada nisan ve temmuz ayları arasında Van Gölünden ve Karasu Çayından örneklenen 30 adet Van balığı sindirim kanalı morfometrik ve histolojik olarak incelendi. Van balığı sindirim kanalı incelendiğinde belirgin bir mide yapısının olmadığı gözlendi. Sindirim kanalı özofagus, mide görevini üstlenen mide benzeri yapı, anterior bağırsak, posterior bağırsak ve anüsten meydana geldiği belirlendi. Van balığının sindirim kanalının en dıştan içe doğru seröz, muskularis, submukoza ve lümene doğru kıvrımlardan oluşan mukoza tabakalarından oluştuğu gözlendi. Bu tabaka kalınlıklarının göl ve akarsudan örneklenen balıklar arasında değiştiği belirlendi. Morfometrik olarak çap, mukoza genişliği, mukoza uzunluğu, mukoza kıvrımları, muskularis kalınlığı, submukoza kalınlığı ve uzunluğu ölçüldü. Bu değerlerin, gölden örneklenen balıklarda akarsulardan örneklenen balıklara göre daha büyük olduğu belirlendi. Van balığı sindirim kanalında ölçümler ilk defa bu çalışma ile belirlendi. Bu ölçülen değerlerin balığın beslenme, stres ve suyun fizikokimyasal yapısı ile ilgili olduğu düşünülmektedir.","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"22 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-10","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139351141","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}

{"title":"Self-Adjoint Sturm-Liouville Dynamic Problem via Proportional Derivative","authors":"Tüba Gülşen, Mehmet Acar","doi":"10.21597/jist.1313391","DOIUrl":"https://doi.org/10.21597/jist.1313391","url":null,"abstract":"The concept of a conformable derivative on time scales is a relatively new development in the field of fractional calculus. Traditional fractional calculus deals with derivatives and integrals of non-integer order on continuous time domains. However, time scale calculus extends these concepts to more general time domains that include both continuous and discrete points. The conformable derivative on time scales has several properties that make it advantageous in certain applications. For example, it satisfies a chain rule and has a simple relationship with the conformable integral, which facilitates the development of differential equations involving fractional order dynamics. It also allows for the analysis of systems with both continuous and discrete data points, making it suitable for modeling and control applications in various fields, including physics, engineering, and finance. In this study, the Sturm-Liouville problem and its properties are examined on an arbitrary time scale using the proportional derivative, a more general form of the fractional derivative. Important spectral properties such as self-adjointness, Green formula, Lagrange identity, Abel formula, and orthogonality of eigenfunctions for this problem are expressed in proportional derivatives on an arbitrary time scale.","PeriodicalId":17353,"journal":{"name":"Journal of the Institute of Science and Technology","volume":"24 3 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0,"publicationDate":"2023-08-10","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":null,"resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":"139351050","PeriodicalName":null,"FirstCategoryId":null,"ListUrlMain":null,"RegionNum":0,"RegionCategory":"","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":"","EPubDate":null,"PubModel":null,"JCR":null,"JCRName":null,"Score":null,"Total":0}