Nature Protocols | 质谱蛋白质组学差异分析新利器：DEqMS带你轻松驾驭DIA与DDA数据

随着质谱蛋白质组学技术的发展，准确识别差异表达蛋白成为核心挑战。传统统计方法忽略了质谱特征数量（如肽段数）对定量方差的影响，常导致低丰度蛋白信息丢失。受RNA-seq数据分析启发，瑞典卡罗林斯卡学院与中山大学团队开发了DEqMS软件包，其创新在于基于质谱特征数量的贝叶斯方差估计策略：通过非参数局部回归拟合“先验方差-特征数量”曲线，为每个蛋白质估算更准确的方差用于统计检验。2026年Nature Protocols最新版指南将DEqMS应用范围从传统DDA拓展至DIA工作流程。研究使用标准数据集（UPS1掺入、三物种混合）及干扰素γ处理肺癌细胞系的真实场景，在Orbitrap和timsTOF平台上验证了其优于limma、MSstats和MSqRob等主流方法的性能。DEqMS能保留宝贵低丰度蛋白信息，尤其适用于小样本量或弱差异的临床前研究场景，现已作为Bioconductor开源包发布。