Cell丨曾泽贤/潘登/冯驭开发空间扰动组学平台（SPAC-seq），让基因功能“看得见位置”

在基因功能研究中，将高通量空间转录组测序与CRISPR screen结合，在组织原位解析功能基因组学问题，是该领域的重要研究方向。2026年5月26日，北京大学曾泽贤团队联合清华大学潘登团队及华大基因冯驭团队在Cell发表论文，开发了空间CRISPR筛选技术SPAC-seq及分析工具TARDIS。研究背景是传统空间转录组难以检测CRISPR screen中的sgRNA信号。研究目的是在单细胞分辨率空间转录组平台上实现高通量基因功能筛选，并解析基因扰动在组织中的空间效应。结论显示，SPAC-seq通过设计嵌合mRNA的sgRNA载体，解决了检测难题，适配Visium HD和Stereo-seq平台，并能检测超过1100种sgRNA。通过三个应用场景（肿瘤转移免疫逃逸、T细胞浸润机制、环境与内在因子协同调控细胞定位），研究揭示了ICAM1缺失重塑肿瘤微环境、SPP1-CD44轴抑制T细胞功能、BHLHE40与CXCR4-CXCL12轴拮抗决定T细胞定位等关键机制。SPAC-seq与TARDIS标志着空间功能基因组学进入新阶段，为空间免疫学等领域提供了全新研究范式。