Nature Methods丨杨建华/李斌/陈建军/屈良鹄开发新算法构建RNA互作组百科全书

背景：RNA通过与RNA结合蛋白（RBP）及其他RNA分子形成复杂的相互作用网络，在基因表达调控中发挥核心作用。然而，现有解析方法受限于高实验噪声、数据异质性和技术差异，难以准确鉴定真实互作事件。研究目的：为克服上述挑战，中山大学杨建华、李斌、屈良鹄团队与City of Hope陈建军教授合作，开发了rbsSeeker和rriScan等新算法，旨在实现跨平台、高精度的RNA-RBP和RNA-RNA互作识别与统一解析，并构建整合性的互作组资源平台。结论：该研究系统分析了数千个互作组测序数据集，鉴定了大规模高置信度RBP结合位点与RNA互相关系，并将其整合至ENCORI平台。实验验证发现CPSF6是新的m6A相关蛋白，并揭示“孤儿”snoRNA SNORA49指导rRNA假尿苷修饰。该平台为深入理解RNA调控网络及其生物学功能提供了新方法、新资源。