北京大学曾泽贤团队与合作者最新Cell

本文报道了北京大学曾泽贤团队联合清华大学及华大生命科学研究院在Cell上发表的研究，开发了空间CRISPR筛选技术SPAC-seq及分析工具TARDIS。研究背景是传统CRISPR screen无法解析基因扰动在组织空间中的功能，而空间转录组技术虽能提供空间信息但难以整合功能筛选。研究目的是将高通量CRISPR screen与单细胞分辨率空间转录组结合，实现组织原位的功能基因组学解析。SPAC-seq通过将sgRNA嵌入mRNA转录本，成功适配10x Visium HD和Stereo-seq平台，在肿瘤切片上稳定检测超1100种sgRNA。TARDIS提供标准化统计分析流程。研究通过三个应用验证：发现ICAM1缺失重塑肿瘤微环境促进免疫逃逸；揭示CD44敲除增强T细胞浸润及抗肿瘤效应，并提出SPP1-CD44免疫抑制轴；阐明BHLHE40与CXCR4-CXCL12轴拮抗调控T细胞空间定位。结论是SPAC-seq与TARDIS建立了空间功能基因组学新范式，为肿瘤免疫等领域提供全新研究平台。