Cell | SPIDR：一种高通量检测RBPs与RNA互作的新方法

本文介绍了RNA结合蛋白（RBPs）在mRNA生命周期中的重要作用，以及它们在人类疾病中的相关性。由于目前对RBPs结合的RNA了解有限，研究人员开发了一种名为SPIDR的高通量方法，用于鉴定RNA和蛋白质的相互作用。该方法通过将抗体与连接寡核苷酸的beads偶联，形成抗体-beads-pools，并与经过UV交联的细胞裂解液孵育，从而纯化RBP并检测其结合的RNA。研究验证了SPIDR方法的可行性和准确性，并在K562和HEK293T细胞中进行了实验。此外，研究还发现超过40%的RBPs能够与其自身mRNA结合，并与ENCODE数据库中的CLIP方法结果高度一致。最后，研究通过SPIDR方法探究了LARP1与RNA的相互作用，发现其结合在18S rRNA的特定区域，并与40S核糖体亚基成分富集。