Cell Research | 刘晓雨/高绍荣等合作建立DeChIC-seq技术，突破单细胞转录因子结合检测难题

本文介绍了同济大学刘晓雨、高绍荣等团队在Cell Research上发表的一项研究。背景是现有单细胞组蛋白修饰或转录因子结合位点检测方法依赖免疫沉淀，对样品起始量要求高且灵敏度不足，尤其是转录因子结合的稀疏性和瞬时性增加了检测难度。研究目的是开发一种新方法以在单细胞水平高效检测蛋白质-DNA相互作用。结论是团队建立了DeChIC-seq技术，利用双链DNA脱氨酶DddA与Protein A的融合蛋白，通过抗体介导原位锚定目标蛋白，诱导结合位点DNA发生C-to-U碱基转换，从而绕过免疫沉淀步骤。在此基础上，结合单细胞全基因组扩增技术开发了scDeChIC-seq，能够从一个细胞起始检测，并在小鼠早期胚胎发育中成功检测组蛋白修饰H3K4me3和转录因子如NR5A2、KLF5等，展示了在稀有生物样本中的高灵敏度和准确性。该技术为解析单细胞水平基因调控网络开辟了新路径，有望应用于人类胚胎发育、肿瘤异质性等研究。