AlphaFold要让位了？开源模型预测10亿蛋白质形状

背景:蛋白质结构预测是生物学研究的关键领域，AlphaFold等模型取得了重大进展。研究目的:介绍由陈-扎克伯格倡议旗下Biohub开发的新开源AI模型ESMFold2及其预测的蛋白质结构图谱ESM Atlas，该图谱包含超过10亿个预测结构，旨在扩展已知蛋白质世界，并为新生物学发现提供基础。结论:ESMFold2基于蛋白质语言模型训练，在预测蛋白质复合物结构（包括抗体-抗原结合）方面表现优于或可媲美AlphaFold3。团队利用该模型设计了新抗体和蛋白质，并通过实验验证了其有效性。ESM Atlas包含大量来自宏基因组的未充分表征蛋白质结构，有望帮助科学家探索蛋白质未知领域，并与AlphaFold数据库形成互补。同行评价认为该模型开源、性能出色，是生物学研究的宝贵资源，但其对高度不常见蛋白质结构的预测能力仍需进一步评估。