bioRxiv |超嗜热古菌蛋白酶助力蛋白质从头测序

背景：蛋白质从头测序是现代蛋白质组学的关键前沿，但传统胰蛋白酶策略存在切口稀疏、肽段过短的问题，导致抗体CDR区覆盖空白。研究目的：探索基于超嗜热古菌蛋白酶（Krakatoa和Vesuvius）和EAciD混合碎裂技术的简化工作流程，以克服传统多酶策略的局限性。结论：该方法能产生更长、更多样的肽段，独特肽段数量是传统方法的4-5倍，实现抗体全长序列无缺口、高冗余覆盖，且流程简化，仅需20分钟酶切和单次LC-MS/MS运行，但存在酶可及性、成本及在复杂样本中性能待验证等潜在不足。