Nat Methods | 中国科学院上海药物研究所郑明月团队开发出基于生成式AI的蛋白-配体复合物结构预测方法

中国科学院上海药物研究所郑明月团队开发了一种基于生成式AI的蛋白-配体复合物结构预测方法SurfDock。该方法利用蛋白质表面信息构建几何扩散神经网络，能够高精度自动生成配体结合构象，并应用于基于结构的虚拟筛选。研究提出了新型基于蛋白表面的几何扩散网络，整合了多种蛋白质信息和SurfScore内部评分模块，通过训练评估构象置信度。SurfDock在多个基准测试中表现优异，尤其在处理柔性配体时表现出色，并通过针对ALDH1B1的筛选实验验证了其实用价值。研究得到国家自然科学基金、国家重点研发计划等支持。