Nat. Mach. Intell. | 深度学习预测糖肽串联质谱谱图

本文介绍了乔亮教授团队在Nature Machine Intelligence上发表的研究，他们开发了一种名为DeepGP的深度学习方法，用于预测N-糖肽的二级质谱谱图和保留时间。该方法通过编码糖肽的多个特征，如糖结构、氨基酸序列和PTM类型等，使用图神经网络（GNN）和transformer模型来捕捉糖的组成和拓扑结构，并预测糖碎片离子的强度和中性丢失的碎片离子。实验结果显示，DeepGP预测的二级谱图与实验值高度相似，对保留时间的预测也具有很好的准确性，能有效优化糖肽搜库的结果。