Nat Commun | 孙磊/杨禹丞等合作开发跨物种RBP-RNA互作预测算法MuSIC

RNA结合蛋白（RBP）通过识别RNA分子调控转录、剪接和翻译等关键生命过程，其功能异常与多种疾病密切相关。然而，现有RBP-RNA互作数据主要集中于人类，模式生物（如小鼠、斑马鱼）中数据匮乏，限制了疾病机制研究。研究团队开发了基于进化保守性的跨物种预测框架MuSIC，整合多层级RBP保守性信息及预训练基础模型特征，实现了高精度跨物种预测。在利用人类数据预测斑马鱼RBP结合偏好时，MuSIC的AUC达0.83，显著优于现有模型（0.60-0.71）。研究系统分析了11个物种中184种RBP的结合偏好，发现大多数RBP在进化中保持保守的结合模式，并通过实验验证了遗传变异（SNV）对RBP结合的扰动效应及其跨物种一致性。结论表明，MuSIC为数据稀缺的模式生物提供了可靠的RBP结合位点预测工具，揭示了RBP调控规则的跨物种保守性及遗传变异在疾病发生中的重要作用。