专题 | David Baker：蛋白质设计的先驱

本文回顾了David Baker教授在蛋白质设计领域的早期研究历程。背景方面，文章从Anfinsen的热力学假说和Levinthal悖论出发，揭示了蛋白质折叠研究的基本科学问题。研究目的上，Baker通过实验探索折叠动力学机制，发现接触序(contact order)与折叠速率的相关性，并提出漏斗样自由能景观理论。基于对折叠机理的深入理解，他开发了Rosetta结构预测方法，通过片段组装和蒙特卡洛模拟实现蛋白质三维结构预测。结论部分显示，Rosetta不仅成功应用于结构预测，更被反向用于蛋白质设计，实现了从Top7全新蛋白设计到酶功能设计的突破，开创了计算蛋白质设计的新纪元。