Nature Methods | 清华大学江瑞研究发现EpiAgent单细胞表观基因组学基础模型

背景：单细胞ATAC测序技术（scATAC-seq）在探索细胞水平表观基因组图谱方面取得进展，但数据复杂性和下游任务多样性对计算方法提出更高要求。研究目的：清华大学江瑞团队开发EpiAgent基础模型，通过预训练大规模Human-scATAC-Corpus语料库，将染色质可及性模式编码为细胞句子，利用双向注意力机制捕捉细胞异质性。结论：EpiAgent在无监督特征提取、细胞类型注释和数据插补等任务中表现优异，能预测细胞对外部刺激的响应，支持零样本细胞注释和计算机模拟基因敲除，显著推进单细胞表观基因组学分析能力。