文献分享|MambaCpG：利用 Mamba架构实现单细胞 DNA 甲基化状态精确估算
林木多组学研究
2025-09-03 22:18
文章摘要
背景：单细胞DNA甲基化测序技术因DNA含量有限导致CpG覆盖率低（通常仅1%-40%），数据高度稀疏制约下游分析。研究目的：开发基于Mamba架构的深度学习模型MambaCpG，实现单细胞甲基化状态精确插补，解决长序列依赖和计算效率问题。结论：MambaCpG在七个数据集上显著优于现有模型，参数量仅12.5万且内存占用低，能捕捉10kb远程依赖关系，在大规模稀疏数据中表现出色，具备跨染色体模式识别能力，为表观遗传研究提供高效解决方案。
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