Nat Commun | 上海交通大学俞章盛与合作者揭示超大规模空间转录组数据中的精细空间结构并放大基因表达信号

本研究介绍了上海交通大学俞章盛教授与上海市第六人民医院焦琼教授合作开发的HERGAST系统，该系统旨在解决超大规模和超高分辨率空间转录组数据分析中的计算挑战。HERGAST采用“分而治之”的策略，通过分割组织切片、构建异构图网络和交叉注意力机制，有效克服了现有方法在计算效率、内存消耗和过平滑等方面的局限性。研究结果表明，HERGAST在结直肠癌和乳腺癌数据中表现出色，能够精细描绘肿瘤微环境、识别关键细胞类型并增强基因表达信号。该研究为探索复杂生物系统提供了有力工具。