Genome Biology | 林承棋团队开发SEU-TCA算法揭示第二心场前体细胞新亚型

本研究由东南大学林承棋教授团队联合多家研究机构开发了一种新型空间转录组整合分析工具SEU-TCA，用于解析心脏祖细胞的空间信息编码和第二心场前体细胞的空间亚型。研究背景是先天性心脏病（CHD）源于早期胚胎心脏发育异常，但心脏祖细胞的空间起源和调控过程尚不明确。研究目的是通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，揭示心脏前体细胞的空间分布和调控机制。研究结论表明，SEU-TCA算法具有优异的空间解卷积和单细胞定位能力，成功识别出由IRX1调控的心脏祖细胞亚型，并证实IRX1缺失会导致室间隔缺损，为先天性心脏病的诊断和治疗提供了新靶点。