综述｜理解酶催化反应中的计算模拟技术

本文综述了计算模拟技术在酶催化反应研究中的应用，重点探讨了不同计算技术（如量子力学、分子力学和机器学习势）在酶催化过程各步骤中的应用。文章指出，酶催化过程涉及多个物理化学步骤，包括底物结合、构象变化和化学反应，需要采用多尺度模拟方法来准确描述。近年来，机器学习技术的引入显著提升了模拟的效率和精度，特别是在处理构象多样性和变构效应方面。尽管机器学习/分子力学（ML/MM）混合方法在精度和计算成本之间取得了平衡，但仍面临模型迁移性和再训练等挑战。文章总结认为，随着技术的发展，ML/MM方法有望成为未来酶催化反应模拟的首选工具。