Nat. Methods | 使用LigandMPNN实现蛋白质序列设计

本文介绍了发表在Nature Methods上的文章“Atomic context-conditioned protein sequence design using LigandMPNN”，通讯作者为华盛顿大学的David Baker教授。文章主要探讨了在蛋白质从头设计中，如何利用LigandMPNN模型在小分子配体、核酸配体和金属配体存在的情况下进行蛋白质序列设计。通过构建蛋白质-配体图和配体内部图，LigandMPNN模型能够有效捕获配体与蛋白质的互作关系，从而显著提升设计表现。实验结果表明，LigandMPNN在所有测试情形中表现最优，尤其在金属结合蛋白的设计上更为出色。