NAR | 更新版癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM 2.0

本文介绍了国家生物信息中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM 2.0的最新版本。该数据库自2022年首次发布以来，已在癌症样本的单细胞基因表达定量、细胞类型注释及免疫反应研究等方面得到广泛应用。2024年6月，CancerSCEM 2.0版本上线，新增了1,466套癌症相关scRNA-seq数据集，涵盖127个研究项目和74种人类癌症类型，并首次纳入正常组织样本与健康的外周血样本。新版本在转录组层面新增了基因组拷贝数变异评估、转录因子富集、拟时序构建等分析功能，并提供了代谢模块和KEGG代谢通路的单细胞代谢通量推断等新功能。此外，数据库整合了来自33个TCGA癌症研究项目的数据，提升了基因表达概览和在线生存分析功能。CancerSCEM 2.0还新增了CELL与METABOLISM两个分析模块，提供实时分析及可视化功能，支持用户进行多维度定制分析，探索新的癌症生物标志物。