上海有机所交叉中心开发原子互作生成模型Void-X用于蛋白质界面设计

背景：精准预测蛋白质与蛋白质或药物在原子层面的相互作用，并通过设计技术调控这些作用，对加速疗法开发具有重要意义。随着蛋白质递送技术的发展，以组织特异性方式递送设计的蛋白质日益可行。现有生成式AI方法多采用自上而下策略，先设计整体蛋白质骨架再优化序列。研究目的：中国科学院上海有机化学研究所周界文与袁钧瑛团队开发了一种名为Void-X的原子互作生成模型，采用自下而上的范式，针对特定结构区域直接生成与之匹配的互作原子分布，为蛋白质-蛋白质界面设计提供物理可解释的基础。结论：Void-X模型基于从PDB构建的800多万个原子簇训练，在链内预测准确率达78.3%，链间为68.2%。它能够直接生成原子级别的相互作用，开辟了全新的蛋白质设计路径，在药物研发等领域具有较大应用潜力。