中国农科院发表Nature Genetics研究论文 | 绕过比对迷宫，基因组所张兴坦团队开发多倍体全基因组关联分析新方法

多倍体作物（如小麦、甘蔗、甘薯等）基因组高度相似且重复，传统依赖序列比对的GWAS方法难以准确进行变异检测和剂量效应分析，成为遗传解析的难题。中国农科院张兴坦团队在《Nature Genetics》发表研究，开发了名为KMERIA的新方法，绕开传统序列比对，直接利用全基因组k-mer的拷贝数来捕捉多倍体的等位基因剂量，随后进行关联分析。该方法通过k-mer计数、矩阵构建、修剪、关联测试和定位回归五个步骤，成功在二倍体水稻、四倍体苜蓿、六倍体甘薯及多倍体栽培甘蔗中验证，能精准定位关键基因（如Waxy、SsMGT、SsNGA5等）。研究证实，KMERIA能有效破解多倍体复杂基因组的“遗传迷雾”，挖掘传统方法无法检测的基因位点和结构变异，为多倍体作物的精准设计育种提供了高效的算法工具，有望加速优良品种的培育进程。