Nat Commun丨香港大学黄渊华等团队研究发现CLADES可揭示克隆细胞命运和分化动力学

背景：基于谱系追踪的单细胞技术（LT-scSeq）如LARRY条形码系统已用于解析克隆层面的分化轨迹，但克隆特异性动力学的异质性仍缺乏定量研究。研究目的：香港大学黄渊华等团队开发了CLADES框架，结合NeuralODE和随机模拟算法，旨在从LT-scSeq数据中准确估算克隆和群体特异性动力学，重建祖细胞谱系树，并分析克隆水平行为。结论：CLADES能有效量化细胞群体的克隆特异性分化动力学，揭示造血干细胞和祖细胞在不同转录状态下的特异性行为，为发育生物学研究提供了可扩展的定量分析方法。