Mol Cell | 系统解析转录因子结合特异性的决定因素

背景：真核生物转录因子识别短而退化的DNA基序，但仅结合基因组中少数位点，传统模型无法完全解释其结合特异性机制。研究目的：通过构建可控小鼠胚胎干细胞模型，系统解析bHLH家族转录因子NGN2和MyoD1的结合特异性决定因素。结论：研究发现TF结合由多层次因素决定，包括DNA序列偏好（不同TF对E-box变体有特异性亲和力）、染色质开放状态（结合率在开放区域显著升高）、motif语法规则（邻近碱基调控、核小体位置偏好）以及TF复合物构象。结合后功能输出需额外激活机制，且结合过程呈现动态演化特征，初始结合引发次级TF表达形成反馈循环。所建预测模型具有跨细胞类型适用性，为解析GWAS位点提供新视角。