Drug Discov Today｜扩散模型在小分子生成中的潜力

本文综述了扩散模型在小分子生成中的应用及其在药物发现中的潜力。文章首先介绍了扩散模型的原理和运行机制，包括正向扩散和反向扩散过程，并强调了其在三维分子几何结构建模中的优势。随后，作者对现有的扩散模型进行了系统分类，包括无靶点和有靶点模型，并详细讨论了各类方法的优缺点。在基准测试部分，文章评估了18种代表性扩散模型在多个数据集上的性能，结果显示MiDi在无靶标生成任务中表现最佳，而KGDiff和PMDM在有靶标生成任务中表现优越。最后，文章总结了当前模型的局限性，如可解释性不足、计算效率低下等，并提出了未来研究方向，包括提升模型的物理真实感和生物学相关性，以及发展融合可微分力场或分层学习框架的物理知识驱动的扩散模型。