Nat Protoc | 通用蛋白与核酸结构比对新算法US-align

本文介绍了通用结构比对工具US-align的开发与应用。背景方面，蛋白质与核酸等生物大分子的三维结构比对在结构生物学和计算生物学中具有核心作用，但现有工具难以处理跨分子、非序列顺序等复杂结构。研究目的是开发一款支持蛋白质、DNA、RNA及其复合物的快速统一比对工具。US-align基于TM-score和TM-align算法，扩展至核酸、蛋白–核酸复合物甚至小分子的比对，并新增了循环排列结构比对模块和批量结构比对功能。结论显示，US-align是目前少数能同时处理多种比对任务的通用工具，但在柔性结构比对方面仍有待改进。