深圳湾实验室杨奕等最新JACS Au | 一种探索自由能景观任意区域的“下沉式”采样方法

本文介绍了一种名为SinkMeta的新型增强采样方法，旨在解决分子动力学模拟中自由能景观探索的局限性。背景方面，传统的增强采样方法如埋拓动力学（MetaD）虽然能加速对自由能景观的探索，但通常需要遍历整个集合变量（CV）空间，而实际研究中往往只关注特定区域。研究目的是开发一种能够灵活采样CV空间中任意形状区域的方法。SinkMeta通过在预设网格区域“下沉”偏置势，形成限制势的“陡坡”，从而将采样范围控制在目标区域内。该方法在丙氨酸多肽和香豆素-DNA结合体系中的应用表明，它能高效计算不同形状CV区域的自由能面，并显著缩短采样时间。结论指出，SinkMeta为局部相空间采样提供了新范式，特别适用于药物与生物大分子相互作用的研究。