深圳湾实验室杨奕等最新JACS Au | 一种探索自由能景观任意区域的“下沉式”采样方法

本文提出了一种名为SinkMeta的创新性“下沉式”增强采样方法，旨在解决分子动力学模拟中自由能景观探索的局限性。传统增强采样方法倾向于遍历整个集合变量空间，而科研人员通常只关注特定区域。SinkMeta通过在预设网格区域“下沉”偏置势，形成约束势的“陡坡”，从而将采样范围限制在目标区域。该方法在丙氨酸十肽、丙氨酸二肽以及香豆素-DNA结合体系中的测试表明，SinkMeta能高效实现对不同形状CV子空间的采样，并快速估算自由能面。与现有方法相比，SinkMeta在路径采样和局部相空间探索方面展现出显著优势，为药物与生物大分子相互作用研究提供了新工具。