“漂移的细胞岛”：揭示现有单细胞表示向量评估指标的局限性
自然系列
2025-06-30 12:40
文章摘要
本文探讨了单细胞表示向量评估指标的局限性。研究背景指出，当前评估体系主要关注细胞类型聚类和批次混合度，而忽视了谱系结构和发育轨迹等生物学意义的保留。Genetech的Aviv Regev团队提出了神经网络模型Islander，虽然在主流评估指标上表现优异，但生成的细胞岛破坏了细胞谱系结构，揭示了现有指标的缺陷。为此，作者提出了基于图结构的新评估指标scGraph，强调细胞关系的一致性。研究结论呼吁联合使用多维评估体系，避免误导算法设计和科学发现。
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