Cell Genomics | 基于最优传输理论解码复杂空间组学数据

本文介绍了西安交通大学叶凯教授团队在Cell Genomics上发表的研究成果，开发了一种名为STMiner的空间组学算法。该算法基于最优传输理论，将离散的空间组学数据转化为连续分布，准确识别区域性特异表达的基因集及其空间表达模式。研究背景指出，传统空间转录组学方法在处理复杂疾病样本时面临诸多挑战。研究目的是通过STMiner算法实现对复杂疾病组织的高效、准确分析。结果表明，STMiner在识别空间变异基因方面具有最强的空间特异性和最低的假阳性率，成功应用于黑色素瘤和肝癌样本的分析。该算法为复杂空间组学数据分析提供了新思路，并具有扩展到其他空间组学数据的潜力。