吴立刚组开发深度学习模型CapHLA预测肿瘤新生抗原

本文介绍了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心吴立刚研究组开发的一种深度学习模型CapHLA，用于预测肿瘤新生抗原与HLA分子的结合。新生抗原是由肿瘤细胞的基因组或转录组变异产生的特异性抗原，能够与HLA分子结合并引发特异性免疫反应。CapHLA模型通过四个模块处理多肽和HLA结合位点，能够同时预测HLA-I和HLA-II类分子的亲和性及呈递可能性，并在外部验证集上显示出优于现有算法的预测性能。此外，研究还开发了新生抗原质量评价指标PAE，用于评估新生抗原的质量和预测肿瘤患者免疫治疗的疗效。