Nat Methods｜上海药物所郑明月团队：SurfDock利用表面信息的扩散生成模型实现蛋白质-配体复合物结构精准预测

本文介绍了中国科学院上海药物研究所郑明月团队开发的基于生成式AI的蛋白-配体复合物结构预测方法SurfDock。该方法通过利用蛋白质表面信息构建几何扩散神经网络，高精度自动生成配体结合构象，并已成功应用于基于结构的虚拟筛选。SurfDock在多个基准测试中展现出优异的对接能力，其生成构象的合理性显著超越了现有的深度学习方法，并能够有效地适应新的蛋白质、口袋和空结构。研究团队通过针对ALDH1B1的筛选实验证实了SurfDock的实用价值，成功的快速筛选出七个具有新骨架的先导分子。