植物演化不止“分枝”｜《Applications in Plant Sciences》最新专题聚焦系统发育网络

本文综述了《Applications in Plant Sciences》2026年5-6月刊专题“Branching out: Resolving plant evolution through phylogenetic networks”，聚焦系统发育网络在植物网状演化研究中的应用。背景方面，传统系统发育树难以准确描述植物演化中的杂交、基因渗入和多倍化等复杂过程，随着高质量基因组数据普及，如何用更合适的模型解读复杂数据成为核心挑战。研究目的旨在通过系统发育网络及相关方法，为研究者提供超越单一树状关系的新视角，涵盖从数据处理、单倍型组装、基因流检测到网络可视化的完整研究链条。结论方面，专题展示了多项创新工具与方法：ghostbuster用于识别四分类群数据中的幽灵谱系基因渗入；simcat利用机器学习从SNP位点模式识别基因流；tanggle R包实现系统发育网络的可视化；HapAsmbl面向高杂合植物群体的长读长单倍型组装；以及利用全基因组测序进行离靶宏基因组学分析。这些成果推动了植物网状演化研究向更高效、可重复和可解释的方向发展，为解析菊科等复杂植物类群的多样性提供了新思路。