最新Nature子刊：开发epi-Patho-DBiT，在临床FFPE组织中空间解码淋巴瘤基因型相关表观遗传景观

该研究开发了名为epi-Patho-DBiT的新平台，首次实现了在临床存档的福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织切片上进行高分辨率的空间染色质可及性（spatial-FFPE-ATAC）和组蛋白修饰（spatial-FFPE-CUT&Tag）测序。研究背景是FFPE样本中甲醛交联和核酸碎片化阻碍了其表观基因组的空间解析，尤其在非霍奇金B细胞淋巴瘤中，表观遗传改变是疾病驱动因素。研究目的是破解这一技术瓶颈。通过将平台应用于人黏膜相关淋巴组织淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤（FL）、弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）及转化样本，研究成功绘制了染色质可及性和H3K4me3/H3K27me3修饰图谱。结论表明，该技术揭示了与B细胞恶性转化相关的共享染色质变异和转录因子基序；鉴定了拷贝数变异驱动的肿瘤核型异质性与演变；证实了胆固醇代谢通路在淋巴瘤增殖中的表观激活；在FL-DLBCL转化中发现了H3K27me3和H3K4me3的失调模式并鉴定出DIP2C为潜在靶点；同时发现转化型DLBCL中2p15-2p16.1基因座（PAPOLG-XPO1）的H3K27me3占据与转录上调矛盾现象源于拷贝数扩增。epi-Patho-DBiT为挖掘海量临床FFPE资源的表观遗传信息提供了有力工具。