Adv Sci | 吉林大学李向涛：PAIR助力解析单细胞染色质开放景观

背景：单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）能够在单细胞分辨率上刻画染色质开放状态，但数据存在测序深度有限、信号稀疏、技术性缺失等问题，导致细胞状态识别、差异可及性分析和调控网络推断面临挑战。研究目的：吉林大学李向涛课题组提出概率建模框架PAIR，旨在通过变分潜变量层和双解码器设计，同时恢复染色质可及性的开闭状态与计数强度，以更准确地重建单细胞染色质开放景观，支持转录因子调控图谱解析。结论：PAIR提升了细胞聚类和差异可及性分析能力，在黑色素瘤和前脑图谱数据中成功解析了与肿瘤过程、神经发育相关的调控邻域和转录因子motif富集模式，展示了其在转录调控重建中的应用潜力。