NAR | 非CG甲基化可促进TF结合！福建农林大学朱方捷/上交九院黄晶解析WRKY顺式元件组

背景：DNA甲基化是重要的表观修饰，植物中除CG甲基化外还存在非CG甲基化（CHG和CHH），传统观点认为非CG甲基化抑制转录因子（TF）结合。研究目的：福建农林大学朱方捷团队与上海交通大学黄晶团队合作，通过开发高通量全甲基化系统进化技术（methyl-SELEX与methyl-ampDAP-seq），系统研究拟南芥WRKY家族转录因子在甲基化条件下的序列特异性与结合亲和力，旨在解析非CG甲基化对TF结合的影响。结论：研究发现非CG甲基化可显著改变WRKY的序列特异性，且对WRKY亲和力的调控具有双向性——既可抑制也可促进TF结合，具体取决于结合模式、甲基化位置及特定WRKY因子。研究绘制了完整的WRKY顺式元件组图谱，构建了WRKY数据库WRCD，揭示了甲基化顺式元件参与WRKY下游转录调控网络，为合成生物学中顺式元件设计提供了重要参考。