开启单细胞空间全转录组学新纪元，于吉洋/刘恺博/彭隽敏联合开发创新算法Spotiphy

本文介绍了由美国圣裘德儿童研究医院的于吉洋课题组、威斯康辛大学刘恺博课题组及圣裘德儿童研究医院的彭隽敏课题组联合开发的创新算法Spotiphy。该算法成功解决了空间转录组学领域长期存在的技术难题，实现了全组织切片上单细胞分辨率的空间全转录组表达谱解析。Spotiphy通过整合单细胞测序数据和病理学图像，利用生成模型进行高分辨率、高灵敏度的去卷积和分解，生成单细胞水平的表达谱。此外，Spotiphy具备强大的数据插补能力，通过高斯过程驱动的深度学习模型填补缺失数据，提升数据完整性。研究团队通过小鼠大脑组织的连续切片验证了Spotiphy的准确性和生物学意义，揭示了患病与正常小鼠大脑细胞组成的差异，为神经退行性疾病和癌症等复杂疾病的研究提供了新视角。