Nature Methods：基于生成式AI的蛋白-配体复合物结构预测方法

中国科学院上海药物研究所郑明月团队开发了一种基于生成式AI的蛋白-配体复合物结构预测方法SurfDock。该方法利用蛋白质表面信息构建几何扩散神经网络，能够高精度自动生成配体结合构象，并应用于基于结构的虚拟筛选。研究结果表明，SurfDock在多个基准测试中展现出优异的对接能力，其生成构象的合理性超越现有的深度学习方法。此外，SurfDock能够适应新的蛋白质、口袋和空结构，在处理高度柔性的配体时表现出色。该研究通过针对ALDH1B1的筛选实验，快速筛选出7个具有新骨架的先导分子，证实了SurfDock的实用价值。研究工作得到了国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国科学院青年创新促进会会员项目等的支持。