文献分享 | 基因组解析的宏转录组学揭示了合成微生物群中保守的根定植决定因素

本文通过宏转录组学技术研究了合成微生物群在拟南芥根部的定殖过程，揭示了微生物群中保守的根定殖决定因素。研究使用了多界rRNA缺失、深度RNA测序和参考基因组引导的读取图谱，分析了大量定殖者的植物内宏转录组，鉴定了超过3000个微生物基因在土壤-根界面受到不同调节。研究结果表明，微生物群成员不仅激活菌株特异性过程，还激活共同的基因集来定植植物根系。通过定向诱变实验，验证了在一种丰富的细菌菌株中，由多种细菌持续诱导的几个基因是根部定殖所必需的。这些发现为理解复杂的微生物群落调控提供了新的视角，并揭示了不同系统发育的根部微生物如何共同促进宿主定殖。