文献分享 | 对 60 万基因进行建模以实现功能性顺式调控变体的合理设计及顺式调控序列的从头设计

本文介绍了一个名为PhytoExpr的深度学习模型，该模型通过训练来自17种植物的约60万个蛋白编码基因的调控序列，能够预测mRNA丰度和植物物种。PhytoExpr模型不仅能够定量注释输入序列的功能，还能设计功能性顺式调控变体和从头设计物种特异性顺式调节序列，为合成生物学提供了丰富的元件。研究还展示了PhytoExpr在未知物种和基因家族上的泛化能力，以及其在发掘转录调控区功能变异中的有效性。总体而言，PhytoExpr在基因表达预测和调控序列设计方面具有重要应用价值，未来研究需进一步优化模型以提高其准确性和适用性。