Automatisation en bactériologie

La diminution du nombre de laboratoires a accéléré la mise en place de plateaux techniques en bactériologie, dernier secteur de la biologie où l’automatisation était partielle. L’automatisation de l’ensemble des étapes de l’analyse bactériologique classique (culture, cytologie, identification, antibiogramme), incontournable en routine malgré l’essor des techniques moléculaires, est désormais possible en reliant les différents automates déjà existants. L’automatisation de la mise en culture, de la gestion de l’incubation et le développement de la spectrométrie de masse comme moyen rapide d’identification – élément clé pour décider la poursuite de l’analyse – sont à l’origine de la constitution de chaînes robotisées. Cette automatisation répond à des impératifs de qualité (standardisation, traçabilité, diminution du risque d’erreur, validation technique) et de productivité en réduisant les tâches répétitives à valeurs ajoutées faibles (tri des prélèvements et des cultures négatives, ensemencement) pour consolider des étapes importantes comme la sélection des colonies par exemple. L’automatisation nécessite un outil informatique intégré permettant de gérer les flux et les actions entre les différents modules et être en interface avec les logiciels de gestion de patients et les serveurs de résultats. L’automatisation du secteur représente un investissement important qui nécessite une étude d’implantation en fonction du volume d’activité, du type d’activité, du flux d’activité de la structure du laboratoire prenant en compte la modularité de l’offre des fabricants. Les métiers présents sur ces sites doivent accompagner cette (r)évolution.

A decrease in the number of laboratories has boosted the implementation of technical trays in bacteriology, the last sector of biology where automation was partial. Automation of all the stages of bacteriological analysis (culture, cytology, identification, antibiotic susceptibility) – inescapable in routine despite of the development of the molecular assays – is now possible by connecting a number of existing automatons. The automation of inoculation; the management of incubation; the development of mass spectrometry as a rapid technique of identification – a key element to decide on the continuation of the analysis – has initiated the constitution of the automated lines. This automation complies with quality requirements (standardization, traceability, decreased risk of technical error, validation) and increases productivity by reducing the repetitive tasks that have little added value (sorting specimens and negative cultures, inoculation) consolidating important steps such as the selection of colonies for example. This automation requires software that manages and interfaces the different modules with the patient management database and with the servers of results. Automation of the microbiology lab represents an important investment necessitating a study of volumes, types, activity flows and the structure of the laboratory, taking into account the modularity of the manufacturers offer. The different tasks in these labs must be adapted to this (r)evolution.