- Book学术

发布求助

文献互助智能选刊最新文献

AlKauniyah Jurnal Biologi Pub Date : 2023-04-30 DOI:10.15408/kauniyah.v16i1.21697

Dewi Indriyani Roslim, Intan Nuraini, Siti Nurhayati, Ciska Vivian Sianturi, At-Thahirah At-Thahirah, H. Herman

{"title":"Analisis Empat Sekuen Barkode DNA Pada Pandan (Benstonea sp.) Asal Danau Kajuik, Riau","authors":"Dewi Indriyani Roslim, Intan Nuraini, Siti Nurhayati, Ciska Vivian Sianturi, At-Thahirah At-Thahirah, H. Herman","doi":"10.15408/kauniyah.v16i1.21697","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Barkode DNA merupakan sekuen DNA berukuran pendek yang digunakan untuk identifikasi organisme secara molekuler. Penelitian bertujuan menganalisis empat barkode DNA pada tumbuhan pandan (Benstonea sp.) asal Danau Kajuik, Riau. Metode meliputi isolasi DNA, PCR, elektroforesis, purifikasi, sekuesing, serta analisis bioinformatika. Pada penelitian ini telah diperoleh sekuen DNA untuk atpB-rbcL IGS, trnV-ndhC IGS, ndhF-rpl32 IGS, dan trnQ-5’rps16 IGS sepanjang 812 pb, 924 pb, 952 pb, dan 886 pb, secara berturut-turut. Aksesi yang muncul paling atas pada analisis BLASTn pada keempat sekuen tersebut tidak ada yang memiliki kemiripan 100% dengan Benstonea sp. asal Danau Kajuik, Riau. Walaupun nilai query cover tinggi (93–100%) dan E-value sebesar 0,00. Pada keempat barkode DNA yang diteliti, terdapat beberapa perbedaan nukleotida yang disebabkan oleh mutasi insersi-delesi (indel) (6,99%) maupun subtitusi (4,96%). Mutasi indel paling banyak dijumpai pada sekuen trnV-ndhC IGS dan mutasi subtitusi paling banyak terjadi pada sekuen ndhF-rpl32 IGS. Nukleotida kritis yang menjadi penciri bagi Benstonea sp. asal Danau Kajuik, Riau, dijumpai pada sekuen ndhF-rpl32 IGS dan trnQ-5’rps16 IGS. Simpulan, dua sekuen DNA yaitu ndhF-rpl32 IGS dan trnQ-5’rps16 IGS berpotensi menjadi barkode DNA untuk identifikasi tumbuhan ini secara molekuler. Ketersediaan barkode DNA pada database publik sangat diperlukan untuk menunjang identifikasi organisme secara molekuler.AbstractDNA barcode is a piece of short DNA that is developed for molecular identification of organisms. This study aims to analyze four DNA barcodes in pandan plant (Benstonea sp.) from Kajuik Lake, Riau. Methods included DNA extraction, PCR, electrophoresis, purification, sequencing, and bioinformatics analysis. The DNA sequences of atpB-rbcL IGS, trnV-ndhC IGS, ndhF-rpl32 IGS, and trnQ-5’rps16 IGS have been obtained with the length of 812 pb, 924 pb, 952 pb, and 886 pb, respectively. The top accession in BLASTn analysis results showed that there was no accession that had 100% similarity to Benstonea sp. from Kajuik Lake, Riau even though the query cover high (93–100%) and E-value of 0,00. There were some nucleotide variations caused by insertion-deletion (indel) mutation (6,99%) and subtitution (4,96%). Indel was most occur in trnV-ndhC IGS and subtitution in ndhF-rpl32 IGS. Critical nucleotides that were be a characteristic for Benstonea sp. from Kajuik Lake, Riau were seen in ndhF-rpl32 IGS and trnQ-5’rps16 IGS. Conclusion, both of ndhF-rpl32 IGS and trnQ-5’rps16 IGS are potentially as DNA barcodes for molecular identification of this plant. The avaibility of the DNA barcodes is very important to support of organisms molecular identifications.","PeriodicalId":31088,"journal":{"name":"AlKauniyah Jurnal Biologi","volume":"65 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-04-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"AlKauniyah Jurnal Biologi","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.15408/kauniyah.v16i1.21697","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

摘要

条形码DNA是一种用于分子识别有机体的短程DNA序列。这项研究的目的是分析廖内考克湖(cajuik lake)原生植物的四条形码DNA。该方法包括DNA隔离、PCR、电泳、净化、测序和生物信息学分析。该研究已经获得了atpB-rbcL IGS、trnV-ndhC IGS、ndhF-rpl32 IGS和trnq - 5rps16 IGS共812 pb、924 pb、952 pb和886 pb的DNA序列。在BLASTn分析的第四个序列中，最重要的是没有一个与廖内考克湖的benstone sp有100%的相似之处。尽管查询封面价值高(93—100%)和E-value为0.00。在这四个单独的DNA条形体中，有几个核苷酸的不同之处，这些核苷酸是由蛋白质(6.99%)和替代酶(496%)引起的。在序列trnV-ndhC IGS和替代突变中发现的最常见的突变是ndhF-rpl32 IGS。核苷酸是廖内考尼克湖(cajuik lake)的特征。假设，两个序列的DNA是ndhF-rpl32 IGS和trnq5rps16 IGS可能是一种DNA代码，用于分子鉴定这种植物。公共数据库中DNA编码的可用性是支持有机体在分子鉴定方面所必需的。AbstractDNA条形码是为有机物的分子标识而开发的一小块DNA。这项研究要求从廖内的Kajuik Lake分析pandan plant中的四种barcodes DNA。方法包括DNA提取、PCR、电解质、净度、测序和生物信息分析。atpB-rbcL IGS、trnV-ndhC IGS、ndhf - rpl16 IGS已经与812 pb、924 pb、952 pb和886 pb确认。结果显示，从卡juik湖到廖内都没有百分之百类似的访问率，尽管赌注高达(93—100)，而且还高达0.00的e .。有一些核变量是由不可降解(6.99%)和下降(4.96%)引起的。Indel是nnv - ndhc IGS的主要客户端和ndhF-rpl32 IGS的字幕。《神经科学》评论人士说，从卡juik湖观看的是ndf -rpl32 IGS和trnq5rps16 IGS。结论，ndhF-rpl32 IGS和trnq5rps16 IGS都可以像这棵植物的DNA标记一样。DNA barcodes的证明对支持生物识别分子非常重要。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

查看原文本刊更多论文

Analisis Empat Sekuen Barkode DNA Pada Pandan (Benstonea sp.) Asal Danau Kajuik, Riau

Barkode DNA merupakan sekuen DNA berukuran pendek yang digunakan untuk identifikasi organisme secara molekuler. Penelitian bertujuan menganalisis empat barkode DNA pada tumbuhan pandan (Benstonea sp.) asal Danau Kajuik, Riau. Metode meliputi isolasi DNA, PCR, elektroforesis, purifikasi, sekuesing, serta analisis bioinformatika. Pada penelitian ini telah diperoleh sekuen DNA untuk atpB-rbcL IGS, trnV-ndhC IGS, ndhF-rpl32 IGS, dan trnQ-5’rps16 IGS sepanjang 812 pb, 924 pb, 952 pb, dan 886 pb, secara berturut-turut. Aksesi yang muncul paling atas pada analisis BLASTn pada keempat sekuen tersebut tidak ada yang memiliki kemiripan 100% dengan Benstonea sp. asal Danau Kajuik, Riau. Walaupun nilai query cover tinggi (93–100%) dan E-value sebesar 0,00. Pada keempat barkode DNA yang diteliti, terdapat beberapa perbedaan nukleotida yang disebabkan oleh mutasi insersi-delesi (indel) (6,99%) maupun subtitusi (4,96%). Mutasi indel paling banyak dijumpai pada sekuen trnV-ndhC IGS dan mutasi subtitusi paling banyak terjadi pada sekuen ndhF-rpl32 IGS. Nukleotida kritis yang menjadi penciri bagi Benstonea sp. asal Danau Kajuik, Riau, dijumpai pada sekuen ndhF-rpl32 IGS dan trnQ-5’rps16 IGS. Simpulan, dua sekuen DNA yaitu ndhF-rpl32 IGS dan trnQ-5’rps16 IGS berpotensi menjadi barkode DNA untuk identifikasi tumbuhan ini secara molekuler. Ketersediaan barkode DNA pada database publik sangat diperlukan untuk menunjang identifikasi organisme secara molekuler.AbstractDNA barcode is a piece of short DNA that is developed for molecular identification of organisms. This study aims to analyze four DNA barcodes in pandan plant (Benstonea sp.) from Kajuik Lake, Riau. Methods included DNA extraction, PCR, electrophoresis, purification, sequencing, and bioinformatics analysis. The DNA sequences of atpB-rbcL IGS, trnV-ndhC IGS, ndhF-rpl32 IGS, and trnQ-5’rps16 IGS have been obtained with the length of 812 pb, 924 pb, 952 pb, and 886 pb, respectively. The top accession in BLASTn analysis results showed that there was no accession that had 100% similarity to Benstonea sp. from Kajuik Lake, Riau even though the query cover high (93–100%) and E-value of 0,00. There were some nucleotide variations caused by insertion-deletion (indel) mutation (6,99%) and subtitution (4,96%). Indel was most occur in trnV-ndhC IGS and subtitution in ndhF-rpl32 IGS. Critical nucleotides that were be a characteristic for Benstonea sp. from Kajuik Lake, Riau were seen in ndhF-rpl32 IGS and trnQ-5’rps16 IGS. Conclusion, both of ndhF-rpl32 IGS and trnQ-5’rps16 IGS are potentially as DNA barcodes for molecular identification of this plant. The avaibility of the DNA barcodes is very important to support of organisms molecular identifications.

求助全文

通过发布文献求助，成功后即可免费获取论文全文。去求助

来源期刊

AlKauniyah Jurnal Biologi

自引率

0.00%

发文量

审稿时长

8 weeks