设计B细胞和T细胞多表位疫苗交叉保护血友病菌株:免疫信息学方法

IF 1.5 3区农林科学 Q2 VETERINARY SCIENCES

Onderstepoort Journal of Veterinary Research Pub Date : 2021-03-21 DOI:10.22059/JVR.2019.271610.2882

G. N. Borojeni, Fatemeh Abasabadi, R. Abiri, Amirhooshang Alvandi, Farhad Salari

{"title":"设计B细胞和T细胞多表位疫苗交叉保护血友病菌株:免疫信息学方法","authors":"G. N. Borojeni, Fatemeh Abasabadi, R. Abiri, Amirhooshang Alvandi, Farhad Salari","doi":"10.22059/JVR.2019.271610.2882","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"زمینۀ مطالعه:علیرغم وجود واکسنهای کونژوگه ضد سویههای هموفیلوس عفونتهای ناشی از هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس چه در بعد انسانی و چه در صنعت دامپروری خسارتهای اقتصادی بسیاری را به جوامع تحمیل میکند. کارا نبودن واکسن‌های موجود ضد همه سویه‌ها میتواند در گسترش عفونت ناشی از هموفیلوس مؤثر باشد. از نقاط ضعف این واکسنها میتوان به عدم پوشش اپیتوپهای گوناگون از سویههای هموفیلوس در واکسنهای موجود اشاره کرد. از این رو انتخاب یک مجموعهای از پروتئینهای حراستشده و مشترک در سویههای تهاجمی هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس جهت پیشگویی اپیتوپها و طراحی واکسن ضروری است. هدف: این مطالعه با هدف طراحی واکسن پلی اپیتوپی مؤثر بر ضد سویههای بیماریزای هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس با بهرهگیری از رهیافتهای in silico انجام شد. روش‎کار: ابتدا توالیهای پروتئینهای مورد نظر از پایگاههای داده بازیابی شدند و به منظور به دست آوردن مناطق حراستشده با نرم افزار Clustal omega همردیف گردیدند. سپس پیشگویی اپیتوپهای سلولهای B و T برای 6 پروتئین ایمونوژن شامل پروتئین غشای خارجی (Outer Membrane protein, OMP6)، پروتئین پوشش سلولی (Opacity Associated Protein A, OapA)، پروتئین باند شونده به ترانسفرین (Transfern Binding Protein A, TbpA)، پروتئین D (PD) و D15 با استفاده از سرورهای مختلف ایمونوانفورماتیک صورت گرفت. اپیتوپهای مشترک دارای امتیاز بالاتر با لینکرهای مناسب به یکدیگر متصل گردیدند. ویژگیهای فیزیکوشیمیایی و ساختاری مدل نهایی با سرورهای مربوطه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: 6 اپیتوپ سلولCD4+ T و 3 اپیتوپ سلول B از 6 پروتئین ایمونوژن برای طراحی سازه نهایی انتخاب شدند. ارزیابیهای ایمونوانفورماتیک نشان داد که پپتید پلی اپیتوپی طراحی شده یک پادگن بی خطر، محلول، هیدروفیل و پایدار در دماهای مختلف است که میتواند یک واکسن بالقوه باشد. نتیجهگیری نهایی: سازه پلی اپیتوپی طراحی شده با ابزارهای ایمونوانفورماتیک میتواند به عنوان کاندید واکسن ضد هموفیلوس مورد توجه قرار گیرد.","PeriodicalId":54685,"journal":{"name":"Onderstepoort Journal of Veterinary Research","volume":"15 1","pages":"133-145"},"PeriodicalIF":1.5000,"publicationDate":"2021-03-21","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Designing B and T Cell Multi-Epitope Vaccine for Cross Protection Against Haemophilus Strains: An Immunoinformatics Approach\",\"authors\":\"G. N. Borojeni, Fatemeh Abasabadi, R. Abiri, Amirhooshang Alvandi, Farhad Salari\",\"doi\":\"10.22059/JVR.2019.271610.2882\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"زمینۀ مطالعه:علیرغم وجود واکسنهای کونژوگه ضد سویههای هموفیلوس عفونتهای ناشی از هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس چه در بعد انسانی و چه در صنعت دامپروری خسارتهای اقتصادی بسیاری را به جوامع تحمیل میکند. کارا نبودن واکسن‌های موجود ضد همه سویه‌ها میتواند در گسترش عفونت ناشی از هموفیلوس مؤثر باشد. از نقاط ضعف این واکسنها میتوان به عدم پوشش اپیتوپهای گوناگون از سویههای هموفیلوس در واکسنهای موجود اشاره کرد. از این رو انتخاب یک مجموعهای از پروتئینهای حراستشده و مشترک در سویههای تهاجمی هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس جهت پیشگویی اپیتوپها و طراحی واکسن ضروری است. هدف: این مطالعه با هدف طراحی واکسن پلی اپیتوپی مؤثر بر ضد سویههای بیماریزای هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس با بهرهگیری از رهیافتهای in silico انجام شد. روش‎کار: ابتدا توالیهای پروتئینهای مورد نظر از پایگاههای داده بازیابی شدند و به منظور به دست آوردن مناطق حراستشده با نرم افزار Clustal omega همردیف گردیدند. سپس پیشگویی اپیتوپهای سلولهای B و T برای 6 پروتئین ایمونوژن شامل پروتئین غشای خارجی (Outer Membrane protein, OMP6)، پروتئین پوشش سلولی (Opacity Associated Protein A, OapA)، پروتئین باند شونده به ترانسفرین (Transfern Binding Protein A, TbpA)، پروتئین D (PD) و D15 با استفاده از سرورهای مختلف ایمونوانفورماتیک صورت گرفت. اپیتوپهای مشترک دارای امتیاز بالاتر با لینکرهای مناسب به یکدیگر متصل گردیدند. ویژگیهای فیزیکوشیمیایی و ساختاری مدل نهایی با سرورهای مربوطه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: 6 اپیتوپ سلولCD4+ T و 3 اپیتوپ سلول B از 6 پروتئین ایمونوژن برای طراحی سازه نهایی انتخاب شدند. ارزیابیهای ایمونوانفورماتیک نشان داد که پپتید پلی اپیتوپی طراحی شده یک پادگن بی خطر، محلول، هیدروفیل و پایدار در دماهای مختلف است که میتواند یک واکسن بالقوه باشد. نتیجهگیری نهایی: سازه پلی اپیتوپی طراحی شده با ابزارهای ایمونوانفورماتیک میتواند به عنوان کاندید واکسن ضد هموفیلوس مورد توجه قرار گیرد.\",\"PeriodicalId\":54685,\"journal\":{\"name\":\"Onderstepoort Journal of Veterinary Research\",\"volume\":\"15 1\",\"pages\":\"133-145\"},\"PeriodicalIF\":1.5000,\"publicationDate\":\"2021-03-21\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Onderstepoort Journal of Veterinary Research\",\"FirstCategoryId\":\"97\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.22059/JVR.2019.271610.2882\",\"RegionNum\":3,\"RegionCategory\":\"农林科学\",\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"Q2\",\"JCRName\":\"VETERINARY SCIENCES\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Onderstepoort Journal of Veterinary Research","FirstCategoryId":"97","ListUrlMain":"https://doi.org/10.22059/JVR.2019.271610.2882","RegionNum":3,"RegionCategory":"农林科学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q2","JCRName":"VETERINARY SCIENCES","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

摘要

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

查看原文本刊更多论文

Designing B and T Cell Multi-Epitope Vaccine for Cross Protection Against Haemophilus Strains: An Immunoinformatics Approach

زمینۀ مطالعه:علیرغم وجود واکسنهای کونژوگه ضد سویههای هموفیلوس عفونتهای ناشی از هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس چه در بعد انسانی و چه در صنعت دامپروری خسارتهای اقتصادی بسیاری را به جوامع تحمیل میکند. کارا نبودن واکسن‌های موجود ضد همه سویه‌ها میتواند در گسترش عفونت ناشی از هموفیلوس مؤثر باشد. از نقاط ضعف این واکسنها میتوان به عدم پوشش اپیتوپهای گوناگون از سویههای هموفیلوس در واکسنهای موجود اشاره کرد. از این رو انتخاب یک مجموعهای از پروتئینهای حراستشده و مشترک در سویههای تهاجمی هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس جهت پیشگویی اپیتوپها و طراحی واکسن ضروری است. هدف: این مطالعه با هدف طراحی واکسن پلی اپیتوپی مؤثر بر ضد سویههای بیماریزای هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس با بهرهگیری از رهیافتهای in silico انجام شد. روش‎کار: ابتدا توالیهای پروتئینهای مورد نظر از پایگاههای داده بازیابی شدند و به منظور به دست آوردن مناطق حراستشده با نرم افزار Clustal omega همردیف گردیدند. سپس پیشگویی اپیتوپهای سلولهای B و T برای 6 پروتئین ایمونوژن شامل پروتئین غشای خارجی (Outer Membrane protein, OMP6)، پروتئین پوشش سلولی (Opacity Associated Protein A, OapA)، پروتئین باند شونده به ترانسفرین (Transfern Binding Protein A, TbpA)، پروتئین D (PD) و D15 با استفاده از سرورهای مختلف ایمونوانفورماتیک صورت گرفت. اپیتوپهای مشترک دارای امتیاز بالاتر با لینکرهای مناسب به یکدیگر متصل گردیدند. ویژگیهای فیزیکوشیمیایی و ساختاری مدل نهایی با سرورهای مربوطه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: 6 اپیتوپ سلولCD4+ T و 3 اپیتوپ سلول B از 6 پروتئین ایمونوژن برای طراحی سازه نهایی انتخاب شدند. ارزیابیهای ایمونوانفورماتیک نشان داد که پپتید پلی اپیتوپی طراحی شده یک پادگن بی خطر، محلول، هیدروفیل و پایدار در دماهای مختلف است که میتواند یک واکسن بالقوه باشد. نتیجهگیری نهایی: سازه پلی اپیتوپی طراحی شده با ابزارهای ایمونوانفورماتیک میتواند به عنوان کاندید واکسن ضد هموفیلوس مورد توجه قرار گیرد.

求助全文

通过发布文献求助，成功后即可免费获取论文全文。去求助

来源期刊

Onderstepoort Journal of Veterinary Research 农林科学-兽医学

CiteScore

4.30

自引率

0.00%

发文量

审稿时长

16 weeks

期刊介绍： The Onderstepoort Journal of Veterinary Research, is the official publication of the Onderstepoort Veterinary Institute. While it considers submissions from any geographic region, its focus is on Africa and the infectious and parasitic diseases and disease vectors that affect livestock and wildlife on the continent.