[Are Ureaplasma Species Being Disregarded in Urinary Tract Infections?]

Ureaplasma parvum ve Ureaplasma urealyticum, üriner ve genital sistemde kolonize olabilmekte ve çeşitli enfeksiyonlara neden olmaktadır. Bu etkenler, zor üreme özellikleri nedeniyle rutin laboratuvar tanı yöntemleriyle tanımlanamamaktadır. Bu nedenle toplumdaki insidansı, direnç özellikleri ve klinikte neden oldukları enfeksiyonlarla ilgili daha ayrıntılı çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada üriner sistem enfeksiyonu şüphesi olan hastalarda üreaplazmaların varlığının gösterilmesi amaçlanmıştır. Hedefleri arasında U.urealyticum ve U.parvum olan ticari gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyon [real-time quantitative polymerase chain reaction (Rt-qPCR)] panel kiti kullanılmış ve PCR sonuçlarının doğruluğu sekans analiziyle gösterilmiştir. Üriner sistem enfeksiyonu şüphesiyle laboratuvara gönderilen 603 orta akım idrar örneği, idrar yolu enfeksiyonları qPCR panel kiti (Bioeksen, Türkiye) ile çalışılmıştır. U.urealyticum ve/veya U.parvum pozitif bulunan 195 örneğin, örnek miktarı yeterli olan 130 adedine, -20 °C'de saklanmalarının ardından MinION™ (Oxford Nanopore Technologies®, Birleşik Krallık) sisteminde rapid barcoding kit (SQK-RBK110.96) (Oxford Nanopore Technologies®, Birleşik Krallık) ile üretici firma önerilerine uygun olarak yeni nesil dizileme [next generation sequencing (NGS)] analizi yapılmıştır. qPCR ile pozitif bulunan 195 (%32.33) örneğin; 138 (%70.76)'inde U.parvum, 46 (%23.58)'sında U.urealyticum, 11 (%5.64)'inde U.urealyticum ve U.parvum birlikte bulunmuştur. qPCR pozitifliği bulunan 195 örneğin; örnek miktarı yeterli olan 130'una NGS ile sekans analizi çalışılmıştır. Bu 130 örneğin 17'sinde elektroforezde pozitif bant (amplifikasyon ürünü) ve beş örnekte yeterli sekans (< 10 coverage) verisi elde edilememiştir. Dolayısıyla 22 örnekte sekans analiz sonucu elde edilememiş, 108 örnekte ise elde edilmiştir. Yüz sekiz örneğin; 102 (%94.44)'sinde qPCR ve NGS sonuçları uyumlu, altısında (%5.56) ise uyumsuz bulunmuştur. Uyumsuz altı örneğin biri qPCR ile U.urealyticum olarak tanımlanırken, sekans analizinde U.parvum olarak tanımlanmış, diğer beş örnekte qPCR'de birlikte bulunan U.urealyticum ve U.parvum'dan sadece biri NGS ile gösterilebilmiş diğeri gösterilememiştir; beş örneğin üçünde sekans analiziyle sadece U.parvum, ikisinde ise sadece U.urealyticum gösterilebilmiştir. Çalışmada orta akım idrar örneklerinde %32.33 oranında U.parvum ve/veya U.urealyticum pozitifliği bulunmuştur. Bu çalışmada, yüksek pozitiflik oranları nedeniyle bu mikroorganizmaların olası bir üriner sistem enfeksiyonu etkeni olabileceğine ve göz ardı edilmemeleri gerektiğine dikkat çekilmek istenmiştir.